5ZKQ_refined

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Intermediate (Δ distance (Å): 4.81 docs)

VERSION

2020-07-30

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

PAF receptor (sequence similarity: 100%) PDB: 5ZKQ

TEMPLATES

5ZKQ (PAF receptor)
6RNK (succinate receptor)
6RZ5 (CysLT1 receptor)
6RZ4 (CysLT1 receptor)
4XNW (P2Y1 receptor)
6JOD (AT2 receptor)
5NDD (PAR2)
5LWE (CCR9)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 84.7 9.2 6.1
Side-chains 81.2 9.2 9.6

Number of backbone templates: 8
Number of rotamer templates: 23

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 5 - - - -
N-term 6 - - - -
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ICL3 217 - - - -
ICL3 218 - - - -
ICL3 219 - - - -
ICL3 220 - - - -
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TM6 230 6.33x34 PAF receptor 5ZKQ CysLT1 receptor 6RZ4
TM6 231 6.34x35 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM6 239 6.42x43 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 240 6.43x44 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 241 6.44x45 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM6 246 6.49x49 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 247 6.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 248 6.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 249 6.52x52 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM6 250 6.53x53 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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ECL3 263 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM7 266 7.26x25 PAF receptor 5ZKQ - -
TM7 267 7.27x26 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM7 271 7.31x30 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 272 7.32x31 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM7 275 7.35x34 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM7 278 7.38x37 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 279 7.39x38 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 280 7.40x39 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
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TM7 282 7.42x41 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 283 7.43x42 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 284 7.44x43 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 285 7.45x45 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 286 7.46x46 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 287 7.47x47 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 288 7.48x48 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 289 7.49x49 PAF receptor 5ZKQ CysLT1 receptor 6RZ4
TM7 290 7.50x50 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 291 7.51x51 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 292 7.52x52 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 293 7.53x53 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 294 7.54x54 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 295 7.55x55 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 296 7.56x56 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 297 7.57x57 PAF receptor 5ZKQ PAF receptor 5ZKQ
TM7 298 7.58x58 - - - -
TM7 299 7.59x59 - - - -
H8 300 8.50x50 PAR2 5NDD PAR2 5NDD
H8 301 8.51x51 PAR2 5NDD PAR2 5NDD
H8 302 8.52x52 PAR2 5NDD H1 receptor 3RZE
H8 303 8.53x53 PAR2 5NDD PAR2 5NDD
H8 304 8.54x54 PAR2 5NDD CysLT2 receptor 6RZ6
H8 305 8.55x55 PAR2 5NDD apelin receptor 5VBL
H8 306 8.56x56 PAR2 5NDD β2-adrenoceptor 3SN6
H8 307 8.57x57 PAR2 5NDD succinate receptor 6RNK
H8 308 8.58x58 PAR2 5NDD CCR5 5UIW
H8 309 8.59x59 CCR9 5LWE - -
H8 310 8.60x60 CCR9 5LWE MT1 receptor 6ME2
H8 311 8.61x61 CCR9 5LWE GPR52 6LI1
H8 312 8.62x62 CCR9 5LWE US28 4XT1
H8 313 8.63x63 CCR9 5LWE - -
C-term 314 - - - -
C-term 315 - - - -
C-term 316 - - - -
C-term 317 - - - -
C-term 318 - - - -