UT receptor - G(k) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAI3

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

FPR2/ALX (sequence similarity: 43%) PDB: 6OMM
G(i) subunit alpha-1 (sequence similarity: 98%)

RECEPTOR TEMPLATES

5UIW (CCR5)
6OMM (FPR2/ALX)
4N6H (δ receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 83.9 9.7 6.4
Side-chains 21.4 59.5 19.1

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 52

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 38 - CCR5 5UIW CCR5 5UIW
N-term 39 - CCR5 5UIW CCR5 5UIW
N-term 40 - CCR5 5UIW CCR5 5UIW
N-term 41 - CCR5 5UIW CCR5 5UIW
N-term 42 - CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM1 43 1.24x24 CCR5 5UIW - -
TM1 44 1.25x25 CCR5 5UIW δ receptor 4N6H
TM1 45 1.26x26 CCR5 5UIW succinate receptor 6RNK
TM1 46 1.27x27 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM1 47 1.28x28 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 4LDE
TM1 48 1.29x29 FPR2/ALX 6OMM 5-HT1B receptor 6G79
TM1 49 1.30x30 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 50 1.31x31 FPR2/ALX 6OMM CCR5 5UIW
TM1 51 1.32x32 FPR2/ALX 6OMM PAR2 5NDD
TM1 52 1.33x33 FPR2/ALX 6OMM - -
TM1 53 1.34x34 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM1 54 1.35x35 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM1 55 1.36x36 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 56 1.37x37 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM1 57 1.38x38 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM1 58 1.39x39 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 59 1.40x40 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 60 1.41x41 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
TM1 61 1.42x42 FPR2/ALX 6OMM EP3 receptor 6AK3
TM1 62 1.43x43 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 6N4B
TM1 63 1.44x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 64 1.45x45 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM1 65 1.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 66 1.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 67 1.48x48 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM1 68 1.49x49 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 69 1.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 70 1.51x51 FPR2/ALX 6OMM 5-HT1B receptor 6G79
TM1 71 1.52x52 FPR2/ALX 6OMM PAF receptor 5ZKQ
TM1 72 1.53x53 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
TM1 73 1.54x54 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM1 74 1.55x55 FPR2/ALX 6OMM M2 receptor 4MQT
TM1 75 1.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 76 1.57x57 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
TM1 77 1.58x58 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM1 78 1.59x59 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM1 79 1.60x60 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 5XRA
ICL1 80 12.48x48 - - - -
ICL1 81 12.49x49 δ receptor 4N6H β2-adrenoceptor 4LDE
ICL1 82 12.50x50 δ receptor 4N6H - -
ICL1 83 12.51x51 - - - -
TM2 84 2.37x37 FPR2/ALX 6OMM PAR2 5NDD
TM2 85 2.38x38 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM2 86 2.39x39 FPR2/ALX 6OMM S1P1 receptor 3V2Y
TM2 87 2.40x40 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 6N4B
TM2 88 2.41x41 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM2 89 2.42x42 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM2 90 2.43x43 FPR2/ALX 6OMM A2A receptor 5G53
TM2 91 2.44x44 FPR2/ALX 6OMM A2A receptor 5G53
TM2 92 2.45x45 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 93 2.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 94 2.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 95 2.48x48 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 96 2.49x49 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 97 2.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 98 2.51x51 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 99 2.52x52 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM2 100 2.53x53 FPR2/ALX 6OMM P2Y1 receptor 4XNW
TM2 101 2.54x54 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM2 102 2.55x55 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 103 2.56x56 FPR2/ALX 6OMM M2 receptor 4MQT
TM2 104 2.57x57 FPR2/ALX 6OMM A2A receptor 5G53
TM2 105 2.58x58 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 106 2.59x59 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 107 2.60x60 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
TM2 108 2.61x61 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 109 2.62x62 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 110 2.63x63 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
TM2 111 2.64x64 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM2 112 2.65x65 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 113 2.66x66 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
ECL1 114 - - - - -
ECL1 115 23.49x49 CCR5 5UIW CCR2 5T1A
ECL1 116 23.50x50 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL1 117 23.51x51 CCR5 5UIW - -
ECL1 118 23.52x52 - - - -
TM3 119 3.21x21 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 120 3.22x22 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM3 121 3.23x23 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM3 122 3.24x24 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
TM3 123 3.25x25 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 124 3.26x26 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM3 125 3.27x27 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 126 3.28x28 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM3 127 3.29x29 FPR2/ALX 6OMM CCR7 6QZH
TM3 128 3.30x30 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 6N4B
TM3 129 3.31x31 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 130 3.32x32 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 131 3.33x33 FPR2/ALX 6OMM CCR5 5UIW
TM3 132 3.34x34 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 133 3.35x35 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM3 134 3.36x36 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM3 135 3.37x37 FPR2/ALX 6OMM - -
TM3 136 3.38x38 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 137 3.39x39 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 138 3.40x40 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 139 3.41x41 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 140 3.42x42 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 141 3.43x43 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 142 3.44x44 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM3 143 3.45x45 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 144 3.46x46 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM3 145 3.47x47 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM3 146 3.48x48 FPR2/ALX 6OMM TP receptor 6IIV
TM3 147 3.49x49 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6UP7
TM3 148 3.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 149 3.51x51 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 150 3.52x52 FPR2/ALX 6OMM - -
TM3 151 3.53x53 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 152 3.54x54 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 153 3.55x55 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 154 3.56x56 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
ICL2 155 34.50x50 - - - -
ICL2 156 34.51x51 CCR5 5UIW A2A receptor 5G53
ICL2 157 34.52x52 CCR5 5UIW - -
ICL2 158 34.53x53 CCR5 5UIW - -
ICL2 159 34.54x54 CCR5 5UIW - -
ICL2 160 34.55x55 CCR5 5UIW GPR52 6LI3
ICL2 161 34.56x56 - - - -
TM4 162 4.38x38 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM4 163 4.39x39 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 164 4.40x40 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM4 165 4.41x41 FPR2/ALX 6OMM CCR9 5LWE
TM4 166 4.42x42 FPR2/ALX 6OMM - -
TM4 167 4.43x43 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM4 168 4.44x44 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM4 169 4.45x45 FPR2/ALX 6OMM CysLT2 receptor 6RZ6
TM4 170 4.46x46 FPR2/ALX 6OMM - -
TM4 171 4.47x47 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 172 4.48x48 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 173 4.49x49 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
TM4 174 4.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 175 4.51x51 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM4 176 4.52x52 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 177 4.53x53 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 178 4.54x54 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 179 4.55x55 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 180 4.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 181 4.57x57 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 182 4.58x59 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 183 4.59x60 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 184 4.60x61 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 185 4.61x62 FPR2/ALX 6OMM apelin receptor 5VBL
TM4 186 4.62x63 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 187 4.63x64 FPR2/ALX 6OMM MT1 receptor 6ME2
TM4 188 4.64x65 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
ECL2 189 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 190 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 191 - FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 192 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 193 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 194 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 195 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 196 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 197 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 198 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 199 45.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 200 45.51x51 FPR2/ALX 6OMM NOP receptor 5DHH
ECL2 201 45.52x52 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
ECL2 202 - - - - -
TM5 203 5.30x31 FPR2/ALX 6OMM - -
TM5 204 5.31x32 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 205 5.32x33 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM5 206 5.33x34 FPR2/ALX 6OMM P2Y1 receptor 4XNW
TM5 207 5.34x35 FPR2/ALX 6OMM OX2 receptor 6TPN
TM5 208 5.35x36 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 209 5.36x37 FPR2/ALX 6OMM C5a1 receptor 5O9H
TM5 210 5.37x38 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 211 5.38x39 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 212 5.39x40 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 6N4B
TM5 213 5.40x41 FPR2/ALX 6OMM Y1 receptor 5ZBH
TM5 214 5.41x42 FPR2/ALX 6OMM Y1 receptor 5ZBH
TM5 215 5.42x43 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM5 216 5.43x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 217 5.44x45 FPR2/ALX 6OMM - -
TM5 218 5.45x46 FPR2/ALX 6OMM BLT1 receptor 5X33
TM5 219 5.46x461 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 220 5.47x47 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM5 221 5.48x48 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM5 222 5.49x49 FPR2/ALX 6OMM Y1 receptor 5ZBH
TM5 223 5.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 224 5.51x51 FPR2/ALX 6OMM CXCR4 3ODU
TM5 225 5.52x52 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM5 226 5.53x53 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 227 5.54x54 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM5 228 5.55x55 FPR2/ALX 6OMM NK1 receptor 6HLP
TM5 229 5.56x56 FPR2/ALX 6OMM A1 receptor 6D9H
TM5 230 5.57x57 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM5 231 5.58x58 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 232 5.59x59 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 233 5.60x60 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 234 5.61x61 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
TM5 235 5.62x62 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 236 5.63x63 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM5 237 5.64x64 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 238 5.65x65 FPR2/ALX 6OMM - -
TM5 239 5.66x66 FPR2/ALX 6OMM A2A receptor 5G53
TM5 240 5.67x67 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 241 5.68x68 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 242 5.69x69 FPR2/ALX 6OMM - -
TM5 243 5.70x70 β2-adrenoceptor 3SN6 M1 receptor 6OIJ
TM5 244 5.71x71 β2-adrenoceptor 3SN6 EP3 receptor 6AK3
TM5 245 5.72x72 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL3 246 - - - - -
ICL3 247 - - - - -
ICL3 248 - - - - -
ICL3 249 - - - - -
ICL3 250 - - - - -
ICL3 251 - - - - -
TM6 252 6.29x29 CCR5 5UIW P2Y1 receptor 4XNW
TM6 253 6.30x30 CCR5 5UIW - -
TM6 254 6.31x31 FPR2/ALX 6OMM - -
TM6 255 6.32x32 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 256 6.33x33 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 257 6.34x34 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 258 6.35x35 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 259 6.36x36 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM6 260 6.37x37 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM6 261 6.38x38 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM6 262 6.39x39 FPR2/ALX 6OMM EP3 receptor 6AK3
TM6 263 6.40x40 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 264 6.41x41 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 265 6.42x42 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM6 266 6.43x43 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 267 6.44x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 268 6.45x45 FPR2/ALX 6OMM - -
TM6 269 6.46x46 FPR2/ALX 6OMM CXCR4 3ODU
TM6 270 6.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 271 6.48x48 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM6 272 6.49x49 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 273 6.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 274 6.51x51 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 275 6.52x52 FPR2/ALX 6OMM - -
TM6 276 6.53x53 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 277 6.54x54 FPR2/ALX 6OMM - -
TM6 278 6.55x55 FPR2/ALX 6OMM PAF receptor 5ZKQ
TM6 279 6.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 280 6.57x57 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 281 6.58x58 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2A receptor 6A94
TM6 282 6.59x59 FPR2/ALX 6OMM EP4 receptor 5YWY
TM6 283 6.60x60 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM6 284 6.61x61 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
ECL3 285 - - - - -
TM7 286 7.24x23 CCR5 5UIW - -
TM7 287 7.25x24 CCR5 5UIW NTS1 receptor 6PWC
TM7 288 7.26x25 CCR5 5UIW - -
TM7 289 7.27x26 CCR5 5UIW LPA6 receptor 5XSZ
TM7 290 7.28x27 CCR5 5UIW - -
TM7 291 7.29x28 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM7 292 7.30x29 FPR2/ALX 6OMM CXCR4 3ODU
TM7 293 7.31x30 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM7 294 7.32x31 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
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TM7 298 7.36x35 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM7 299 7.37x36 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
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C-term 333 - - - - -
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G-PROTEIN TEMPLATES

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