TAAR8 - subunit alpha-11 complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNA11

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 46%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 100%)

RECEPTOR TEMPLATES

4IAQ (5-HT1B receptor)
6OIJ (M1 receptor)
5C1M (μ receptor)
6J20 (NK1 receptor)
4UHR (A2A receptor)
6CM4 (D2 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 76.7 11.4 12.0
Side-chains 25.9 52.4 21.8

Number of backbone templates: 6
Number of rotamer templates: 39

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 22 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 23 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 24 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 25 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 26 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 27 1.28x28 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 28 1.29x29 5-HT1B receptor 4IAQ Rhodopsin 4ZWJ
TM1 29 1.30x30 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 30 1.31x31 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM1 31 1.32x32 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 32 1.33x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 33 1.34x34 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM1 34 1.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 35 1.36x36 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 36 1.37x37 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 37 1.38x38 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM1 38 1.39x39 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 39 1.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 40 1.41x41 M1 receptor 6OIJ M3 receptor 5ZHP
TM1 41 1.42x42 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 42 1.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 43 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 44 1.45x45 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 45 1.46x46 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 46 1.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 47 1.48x48 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 48 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 49 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 50 1.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 51 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 52 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 53 1.54x54 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 54 1.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 55 1.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 56 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 57 1.58x58 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM1 58 1.59x59 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM1 59 1.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ICL1 60 12.48x48 - - - -
ICL1 61 12.49x49 5-HT1B receptor 4IAQ CB2 receptor 6KPF
ICL1 62 12.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL1 63 12.51x51 - - - -
TM2 64 2.37x37 5-HT1B receptor 4IAQ CXCR4 3ODU
TM2 65 2.38x38 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 66 2.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 67 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 68 2.41x41 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 69 2.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 70 2.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 71 2.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 72 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 73 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 74 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 75 2.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 76 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 77 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 78 2.51x51 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM2 79 2.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 80 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 81 2.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 82 2.55x55 μ receptor 5C1M M2 receptor 4MQT
TM2 83 2.56x56 μ receptor 5C1M μ receptor 5C1M
TM2 84 2.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 85 2.58x58 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 86 2.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 87 2.60x60 M1 receptor 6OIJ M3 receptor 5ZHP
TM2 88 2.61x61 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 89 2.62x62 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 90 2.63x63 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM2 91 2.64x64 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 92 2.65x65 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 93 2.66x66 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM2 94 2.67x67 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM2 95 2.68x68 NK1 receptor 6J20 - -
ECL1 96 23.49x49 - - - -
ECL1 97 23.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ECL1 98 23.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ NK1 receptor 6HLP
ECL1 99 23.52x52 - - - -
TM3 100 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 101 3.22x22 M1 receptor 6OIJ M4 receptor 6KP6
TM3 102 3.23x23 M1 receptor 6OIJ 5-HT2A receptor 6A94
TM3 103 3.24x24 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM3 104 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 105 3.26x26 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM3 106 3.27x27 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 107 3.28x28 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM3 108 3.29x29 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 109 3.30x30 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 110 3.31x31 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM3 111 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 112 3.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 113 3.34x34 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM3 114 3.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 115 3.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 116 3.37x37 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 117 3.38x38 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 118 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 119 3.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 120 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 121 3.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 122 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 123 3.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 124 3.45x45 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 125 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 126 3.47x47 M1 receptor 6OIJ H1 receptor 3RZE
TM3 127 3.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 128 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 129 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 130 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 131 3.52x52 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 132 3.53x53 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 133 3.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 134 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 135 3.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 136 34.50x50 - - - -
ICL2 137 34.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
ICL2 138 34.52x52 5-HT1B receptor 4IAQ - -
ICL2 139 34.53x53 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 140 34.54x54 5-HT1B receptor 4IAQ EP3 receptor 6M9T
ICL2 141 34.55x55 5-HT1B receptor 4IAQ NTS1 receptor 5T04
ICL2 142 34.56x56 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 143 34.57x57 - - - -
TM4 144 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 145 4.39x39 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM4 146 4.40x40 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM4 147 4.41x41 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM4 148 4.42x42 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME3
TM4 149 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM4 150 4.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 151 4.45x45 M1 receptor 6OIJ GPR52 6LI1
TM4 152 4.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 153 4.47x47 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM4 154 4.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 155 4.49x49 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 156 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 157 4.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 158 4.52x52 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM4 159 4.53x53 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 160 4.54x54 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 161 4.55x55 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM4 162 4.56x56 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 163 4.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 164 4.58x58 M1 receptor 6OIJ S1P1 receptor 3V2Y
TM4 165 4.59x59 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM4 166 4.60x60 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 167 4.61x61 M1 receptor 6OIJ Y1 receptor 5ZBH
TM4 168 4.62x62 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM4 169 4.63x63 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
ECL2 170 - - - - -
ECL2 171 - - - - -
ECL2 172 - - - - -
ECL2 173 - - - - -
ECL2 174 - - - - -
ECL2 175 - - - - -
ECL2 176 - - - - -
ECL2 177 - - - - -
ECL2 178 - - - - -
ECL2 179 - - - - -
ECL2 180 - - - - -
ECL2 181 - - - - -
ECL2 182 - - - - -
ECL2 183 - - - - -
ECL2 184 - - - - -
ECL2 185 - - - - -
ECL2 186 - - - - -
ECL2 187 - - - - -
ECL2 188 - - - - -
ECL2 189 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 190 45.51x51 M1 receptor 6OIJ M5 receptor 6OL9
ECL2 191 45.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 192 - - - - -
TM5 193 5.35x36 M1 receptor 6OIJ H1 receptor 3RZE
TM5 194 5.36x37 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM5 195 5.37x38 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 196 5.38x39 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 197 5.39x40 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 198 5.40x41 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 199 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Y1 receptor 5ZBH
TM5 200 5.42x43 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM5 201 5.43x44 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 202 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 203 5.45x46 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 204 5.46x461 M1 receptor 6OIJ GPR52 6LI1
TM5 205 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 206 5.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 207 5.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 208 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 209 5.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 210 5.52x52 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 211 5.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 212 5.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 213 5.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 214 5.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 215 5.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 216 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 217 5.59x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 218 5.60x60 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 219 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 220 5.62x62 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 221 5.63x63 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 222 5.64x64 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM5 223 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 224 5.66x66 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 225 5.67x67 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 226 5.68x68 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 227 5.69x69 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 228 5.70x70 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 229 5.71x71 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 230 5.72x72 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 231 5.73x73 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 4UHR
TM5 232 5.74x74 M1 receptor 6OIJ - -
ICL3 233 - - - - -
ICL3 234 - - - - -
ICL3 235 - - - - -
ICL3 236 - - - - -
ICL3 237 - - - - -
ICL3 238 - - - - -
ICL3 239 - - - - -
ICL3 240 - - - - -
ICL3 241 - - - - -
ICL3 242 - - - - -
TM6 243 6.21x21 A2A receptor 4UHR - -
TM6 244 6.22x22 A2A receptor 4UHR - -
TM6 245 6.23x23 A2A receptor 4UHR - -
TM6 246 6.24x24 A2A receptor 4UHR - -
TM6 247 6.25x25 A2A receptor 4UHR LPA1 receptor 4Z35
TM6 248 6.26x26 A2A receptor 4UHR M5 receptor 6OL9
TM6 249 6.27x27 A2A receptor 4UHR 5-HT1B receptor 6G79
TM6 250 6.28x28 A2A receptor 4UHR Rhodopsin 4ZWJ
TM6 251 6.29x29 A2A receptor 4UHR 5-HT1B receptor 6G79
TM6 252 6.30x30 A2A receptor 4UHR A2A receptor 4UHR
TM6 253 6.31x31 A2A receptor 4UHR 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 254 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 255 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 256 6.34x34 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 257 6.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 258 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 259 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 260 6.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 261 6.39x39 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM6 262 6.40x40 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM6 263 6.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 264 6.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 265 6.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 266 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 267 6.45x45 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 268 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 269 6.47x47 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 270 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 271 6.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 272 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 273 6.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 274 6.52x52 M1 receptor 6OIJ Y1 receptor 5ZBH
TM6 275 6.53x53 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 276 6.54x54 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 277 6.55x55 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 278 6.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 279 6.57x57 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 280 6.58x58 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM6 281 6.59x59 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM6 282 6.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 283 6.61x61 M1 receptor 6OIJ - -
ECL3 284 - - - - -
ECL3 285 - D2 receptor 6CM4 - -
ECL3 286 - D2 receptor 6CM4 - -
ECL3 287 - - - - -
TM7 288 7.31x30 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
TM7 289 7.32x31 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 290 7.33x32 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM7 291 7.34x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM7 292 7.35x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 293 7.36x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM7 294 7.37x36 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM7 295 7.38x37 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM7 296 7.39x38 M1 receptor 6OIJ - -
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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