DP2 receptor - G(z) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAZ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

FPR2/ALX (sequence similarity: 56%) PDB: 6OMM
G(i) subunit alpha-1 (sequence similarity: 79%)

RECEPTOR TEMPLATES

6OMM (FPR2/ALX)
6LW5 (FPR2/ALX)
6D27 (DP2 receptor)
6JOD (AT2 receptor)
5LWE (CCR9)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 83.9 8.6 7.6
Side-chains 28.6 58.2 13.2

Number of backbone templates: 5
Number of rotamer templates: 30

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 27 - - - - -
N-term 28 - - - - -
N-term 29 - - - - -
N-term 30 - - - - -
N-term 31 - - - - -
TM1 32 1.32x32 FPR2/ALX 6OMM C5a1 receptor 5O9H
TM1 33 1.33x33 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM1 34 1.34x34 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM1 35 1.35x35 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM1 36 1.36x36 FPR2/ALX 6OMM M2 receptor 4MQT
TM1 37 1.37x37 FPR2/ALX 6OMM M2 receptor 4MQT
TM1 38 1.38x38 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM1 39 1.39x39 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM1 40 1.40x40 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 41 1.41x41 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 42 1.42x42 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM1 43 1.43x43 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
TM1 44 1.44x44 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM1 45 1.45x45 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 46 1.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 47 1.47x47 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM1 48 1.48x48 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM1 49 1.49x49 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 5XRA
TM1 50 1.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 51 1.51x51 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 52 1.52x52 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM1 53 1.53x53 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM1 54 1.54x54 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM1 55 1.55x55 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM1 56 1.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 57 1.57x57 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 58 1.58x58 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 59 1.59x59 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 5UNG
TM1 60 1.60x60 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ICL1 61 - - - - -
ICL1 62 - DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL1 63 - - - - -
TM2 64 2.37x37 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 65 2.38x38 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 66 2.39x39 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
TM2 67 2.40x40 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 68 2.41x41 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 69 2.42x42 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM2 70 2.43x43 FPR2/ALX 6OMM A2A receptor 5G53
TM2 71 2.44x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 72 2.45x45 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM2 73 2.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 74 2.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 75 2.48x48 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 76 2.49x49 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 77 2.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 78 2.51x51 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM2 79 2.52x52 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM2 80 2.53x53 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM2 81 2.54x54 FPR2/ALX 6OMM 5-HT1B receptor 6G79
TM2 82 2.55x55 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 83 2.56x56 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
TM2 84 2.57x57 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 85 2.58x58 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 86 2.59x59 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 87 2.60x60 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM2 88 2.61x61 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
TM2 89 2.62x62 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM2 90 2.63x63 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM2 91 2.64x64 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM2 92 2.65x65 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 93 2.66x66 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 5XRA
TM2 94 2.67x67 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL1 95 - - - - -
ECL1 96 23.49x49 FPR2/ALX 6LW5 κ receptor 6B73
ECL1 97 23.50x50 FPR2/ALX 6LW5 FPR2/ALX 6LW5
ECL1 98 23.51x51 FPR2/ALX 6LW5 DP2 receptor 6D27
ECL1 99 23.52x52 - - - -
TM3 100 3.21x21 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 101 3.22x22 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
TM3 102 3.23x23 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 5DYS
TM3 103 3.24x24 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM3 104 3.25x25 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 105 3.26x26 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 106 3.27x27 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 107 3.28x28 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM3 108 3.29x29 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 109 3.30x30 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 110 3.31x31 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM3 111 3.32x32 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 112 3.33x33 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM3 113 3.34x34 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 114 3.35x35 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 115 3.36x36 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 116 3.37x37 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 117 3.38x38 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 118 3.39x39 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 119 3.40x40 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM3 120 3.41x41 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 121 3.42x42 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 122 3.43x43 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 123 3.44x44 FPR2/ALX 6OMM EP3 receptor 6AK3
TM3 124 3.45x45 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 125 3.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 126 3.47x47 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 127 3.48x48 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 128 3.49x49 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 129 3.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 130 3.51x51 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 131 3.52x52 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 132 3.53x53 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM3 133 3.54x54 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 134 3.55x55 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 135 3.56x56 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
ICL2 136 34.50x50 - - - -
ICL2 137 34.51x51 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL2 138 34.52x52 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL2 139 34.53x53 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL2 140 34.54x54 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL2 141 34.55x55 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL2 142 34.56x56 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ICL2 143 34.57x57 - - - -
TM4 144 4.38x38 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 145 4.39x39 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 146 4.40x40 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 147 4.41x41 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM4 148 4.42x42 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 149 4.43x43 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM4 150 4.44x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 151 4.45x45 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 152 4.46x46 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM4 153 4.47x47 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM4 154 4.48x48 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 155 4.49x49 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM4 156 4.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 157 4.51x51 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 158 4.52x52 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 159 4.53x53 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 160 4.54x54 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM4 161 4.55x55 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM4 162 4.56x56 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM4 163 4.57x57 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 164 4.58x59 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
TM4 165 4.59x60 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 166 4.60x61 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM4 167 4.61x62 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 168 4.62x63 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 169 4.63x64 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 170 4.64x65 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
ECL2 171 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 172 - FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 173 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 174 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 175 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 176 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 177 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 178 - FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 179 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 180 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 181 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 182 45.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 183 45.51x51 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
ECL2 184 45.52x52 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
ECL2 185 - - - - -
ECL2 186 - DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ECL2 187 - DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ECL2 188 - DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ECL2 189 - DP2 receptor 6D27 - -
ECL2 190 - DP2 receptor 6D27 - -
ECL2 191 - DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ECL2 192 - DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
ECL2 193 - - - - -
TM5 194 5.26x27 FPR2/ALX 6OMM - -
TM5 195 5.27x28 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 196 5.28x29 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 197 5.29x30 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 198 5.30x31 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 199 5.31x32 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 200 5.32x33 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 201 5.33x34 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 202 5.34x35 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 203 5.35x36 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 204 5.36x37 FPR2/ALX 6OMM CXCR4 3ODU
TM5 205 5.37x38 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 206 5.38x39 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 207 5.39x40 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM5 208 5.40x41 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM5 209 5.41x42 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM5 210 5.42x43 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM5 211 5.43x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 212 5.44x45 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM5 213 5.45x46 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM5 214 5.46x461 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM5 215 5.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 216 5.48x48 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6LW5
TM5 217 5.49x49 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 218 5.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 219 5.51x51 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM5 220 5.52x52 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 221 5.53x53 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 222 5.54x54 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM5 223 5.55x55 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 224 5.56x56 FPR2/ALX 6OMM EP3 receptor 6AK3
TM5 225 5.57x57 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 226 5.58x58 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 227 5.59x59 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 228 5.60x60 FPR2/ALX 6OMM EP3 receptor 6AK3
TM5 229 5.61x61 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 230 5.62x62 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM5 231 5.63x63 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM5 232 5.64x64 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM5 233 5.65x65 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM5 234 5.66x66 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 235 5.67x67 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM5 236 5.68x68 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
ICL3 237 - FPR2/ALX 6OMM - -
ICL3 238 - FPR2/ALX 6OMM - -
ICL3 239 - FPR2/ALX 6OMM - -
ICL3 240 - FPR2/ALX 6OMM - -
TM6 241 6.30x30 AT2 receptor 6JOD - -
TM6 242 6.31x31 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM6 243 6.32x32 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 244 6.33x33 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM6 245 6.34x34 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM6 246 6.35x35 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 247 6.36x36 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM6 248 6.37x37 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM6 249 6.38x38 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM6 250 6.39x39 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 251 6.40x40 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 252 6.41x41 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 253 6.42x42 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 254 6.43x43 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM6 255 6.44x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 256 6.45x45 FPR2/ALX 6OMM A2A receptor 5G53
TM6 257 6.46x46 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 258 6.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 259 6.48x48 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 260 6.49x49 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 6N4B
TM6 261 6.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 262 6.51x51 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM6 263 6.52x52 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM6 264 6.53x53 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM6 265 6.54x54 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM6 266 6.55x55 FPR2/ALX 6OMM 5-HT1B receptor 6G79
TM6 267 6.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 268 6.57x57 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 269 6.58x58 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM6 270 6.59x59 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM6 271 6.60x60 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM6 272 6.61x61 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
ECL3 273 - - - - -
ECL3 274 - - - - -
ECL3 275 - - - - -
ECL3 276 - - - - -
ECL3 277 - - - - -
TM7 278 7.27x26 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
TM7 279 7.28x27 DP2 receptor 6D27 DP2 receptor 6D27
TM7 280 7.29x28 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM7 281 7.30x29 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2C receptor 6BQG
TM7 282 7.31x30 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM7 283 7.32x31 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM7 284 7.33x32 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM7 285 7.34x33 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
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TM7 287 7.36x35 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM7 288 7.37x36 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM7 289 7.38x37 FPR2/ALX 6OMM DP2 receptor 6D27
TM7 290 7.39x38 FPR2/ALX 6OMM 5-HT1B receptor 6G79
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C-term 326 - - - - -
C-term 327 - - - - -
C-term 328 - - - - -
C-term 329 - - - - -
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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