P2Y12 receptor - G(k) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAI3

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

FPR2/ALX (sequence similarity: 40%) PDB: 6OMM
G(i) subunit alpha-1 (sequence similarity: 98%)

RECEPTOR TEMPLATES

6OMM (FPR2/ALX)
4NTJ (P2Y12 receptor)
4PXZ (P2Y12 receptor)
5XSZ (LPA6 receptor)
6RZ6 (CysLT2 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 80.5 10.9 8.6
Side-chains 18.5 67.2 14.2

Number of backbone templates: 5
Number of rotamer templates: 28

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 16 - - - - -
N-term 17 - - - - -
N-term 18 - - - - -
N-term 19 - - - - -
N-term 20 - - - - -
TM1 21 1.28x28 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 22 1.29x29 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 23 1.30x30 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 24 1.31x31 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM1 25 1.32x32 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 5XRA
TM1 26 1.33x33 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM1 27 1.34x34 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 28 1.35x35 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 29 1.36x36 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM1 30 1.37x37 FPR2/ALX 6OMM M2 receptor 4MQT
TM1 31 1.38x38 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM1 32 1.39x39 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM1 33 1.40x40 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM1 34 1.41x41 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 35 1.42x42 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM1 36 1.43x43 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 37 1.44x44 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 38 1.45x45 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 39 1.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 40 1.47x47 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 41 1.48x48 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 42 1.49x49 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 43 1.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 44 1.51x51 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 45 1.52x52 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM1 46 1.53x53 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 47 1.54x54 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 48 1.55x55 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 49 1.56x56 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 50 1.57x57 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM1 51 1.58x58 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 52 1.59x59 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 4ZWJ
TM1 53 1.60x60 FPR2/ALX 6OMM - -
ICL1 54 - - - - -
ICL1 55 - P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
ICL1 56 - - - - -
TM2 57 2.37x37 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 58 2.38x38 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 59 2.39x39 FPR2/ALX 6OMM EP3 receptor 6AK3
TM2 60 2.40x40 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 61 2.41x41 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 62 2.42x42 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM2 63 2.43x43 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM2 64 2.44x44 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 65 2.45x45 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 66 2.46x46 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 67 2.47x47 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 68 2.48x48 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM2 69 2.49x49 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 70 2.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 71 2.51x51 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 72 2.52x52 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 73 2.53x53 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 74 2.54x54 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 75 2.55x55 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM2 76 2.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 77 2.57x57 FPR2/ALX 6OMM CB1 receptor 6N4B
TM2 78 2.58x58 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 79 2.59x59 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 80 2.60x60 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 81 2.61x61 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 82 2.62x62 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 83 2.63x63 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 84 2.64x64 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM2 85 2.65x65 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM2 86 2.66x66 FPR2/ALX 6OMM CCR7 6QZH
ECL1 87 - - - - -
ECL1 88 - P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
ECL1 89 - - - - -
TM3 90 3.18x18 P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
TM3 91 3.19x19 P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
TM3 92 3.20x20 P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
TM3 93 3.21x21 FPR2/ALX 6OMM - -
TM3 94 3.22x22 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
TM3 95 3.23x23 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 96 3.24x24 FPR2/ALX 6OMM 5-HT1B receptor 6G79
TM3 97 3.25x25 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 98 3.26x26 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 99 3.27x27 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 100 3.28x28 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 101 3.29x29 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 102 3.30x30 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 103 3.31x31 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM3 104 3.32x32 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 105 3.33x33 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 106 3.34x34 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 107 3.35x35 FPR2/ALX 6OMM CB2 receptor 6KPF
TM3 108 3.36x36 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 109 3.37x37 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 110 3.38x38 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 4ZWJ
TM3 111 3.39x39 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 112 3.40x40 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 113 3.41x41 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 114 3.42x42 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 115 3.43x43 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM3 116 3.44x44 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 117 3.45x45 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
TM3 118 3.46x46 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 119 3.47x47 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 120 3.48x48 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 121 3.49x49 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 122 3.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM3 123 3.51x51 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM3 124 3.52x52 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM3 125 3.53x53 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 126 3.54x54 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 127 3.55x55 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 128 3.56x56 FPR2/ALX 6OMM M1 receptor 6OIJ
ICL2 129 34.50x50 - - - -
ICL2 130 34.51x51 LPA6 receptor 5XSZ LPA6 receptor 5XSZ
ICL2 131 34.52x52 LPA6 receptor 5XSZ AT1 receptor 6OS2
ICL2 132 34.53x53 LPA6 receptor 5XSZ - -
ICL2 133 34.54x54 LPA6 receptor 5XSZ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 134 34.55x55 LPA6 receptor 5XSZ FPR2/ALX 6LW5
ICL2 135 34.56x56 LPA6 receptor 5XSZ - -
ICL2 136 34.57x57 - - - -
TM4 137 4.38x38 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM4 138 4.39x39 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4PXZ
TM4 139 4.40x40 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM4 140 4.41x41 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 141 4.42x42 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 142 4.43x43 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM4 143 4.44x44 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM4 144 4.45x45 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 145 4.46x46 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM4 146 4.47x47 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 147 4.48x48 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 148 4.49x49 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM4 149 4.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 150 4.51x51 FPR2/ALX 6OMM 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 151 4.52x52 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM4 152 4.53x53 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 153 4.54x54 FPR2/ALX 6OMM M2 receptor 4MQT
TM4 154 4.55x55 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM4 155 4.56x56 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 156 4.57x57 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 157 4.58x58 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 158 4.59x59 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 159 4.60x60 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM4 160 4.61x61 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM4 161 4.62x62 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM4 162 4.63x63 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM4 163 4.64x64 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
ECL2 164 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 165 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 166 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 167 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 168 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 169 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 170 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 171 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 172 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 173 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 174 - FPR2/ALX 6OMM - -
ECL2 175 45.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 176 45.51x51 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
ECL2 177 45.52x52 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
ECL2 178 - - - - -
ECL2 179 - P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
ECL2 180 - - - - -
TM5 181 5.30x30 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 182 5.31x31 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 183 5.32x32 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 184 5.33x33 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 185 5.34x34 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 186 5.35x35 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM5 187 5.36x36 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 188 5.37x37 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 4ZWJ
TM5 189 5.38x38 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM5 190 5.39x39 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 191 5.40x40 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
TM5 192 5.41x41 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 193 5.42x42 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 194 5.43x43 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 195 5.44x44 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 196 5.45x45 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 197 5.46x46 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 198 5.47x47 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 199 5.48x48 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 200 5.49x49 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 201 5.50x50 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 202 5.51x51 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 203 5.52x52 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 204 5.53x53 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 205 5.54x54 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 206 5.55x55 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM5 207 5.56x56 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 208 5.57x57 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 209 5.58x58 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 210 5.59x59 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 211 5.60x60 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 212 5.61x61 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM5 213 5.62x62 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 214 5.63x63 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 215 5.64x64 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 216 5.65x65 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM5 217 5.66x66 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 218 5.67x67 FPR2/ALX 6OMM β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 219 5.68x68 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 220 5.69x69 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM5 221 5.70x70 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 222 5.71x71 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 223 5.72x72 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
ICL3 224 - - - - -
ICL3 225 - - - - -
ICL3 226 - - - - -
ICL3 227 - - - - -
ICL3 228 - - - - -
ICL3 229 - - - - -
TM6 230 6.29x30 CysLT2 receptor 6RZ6 - -
TM6 231 6.30x31 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM6 232 6.31x32 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM6 233 6.32x33 FPR2/ALX 6OMM CysLT2 receptor 6RZ6
TM6 234 6.33x34 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 6PWC
TM6 235 6.34x35 FPR2/ALX 6OMM - -
TM6 236 6.35x36 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 237 6.36x37 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4PXZ
TM6 238 6.37x38 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM6 239 6.38x39 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4PXZ
TM6 240 6.39x40 FPR2/ALX 6OMM AT1 receptor 6OS2
TM6 241 6.40x41 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 242 6.41x42 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM6 243 6.42x43 FPR2/ALX 6OMM AT2 receptor 6JOD
TM6 244 6.43x44 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 245 6.44x45 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 246 6.45x46 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 247 6.46x461 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 248 6.47x47 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 249 6.48x48 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM6 250 6.49x49 FPR2/ALX 6OMM Rhodopsin 4ZWJ
TM6 251 6.50x50 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 252 6.51x51 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 253 6.52x52 FPR2/ALX 6OMM κ receptor 6B73
TM6 254 6.53x53 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 255 6.54x54 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 256 6.55x55 FPR2/ALX 6OMM NTS1 receptor 5T04
TM6 257 6.56x56 FPR2/ALX 6OMM μ receptor 5C1M
TM6 258 6.57x57 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM6 259 6.58x58 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM6 260 6.59x59 FPR2/ALX 6OMM FPR2/ALX 6OMM
TM6 261 6.60x60 FPR2/ALX 6OMM LPA6 receptor 5XSZ
TM6 262 6.61x61 FPR2/ALX 6OMM succinate receptor 6RNK
TM6 263 6.62x62 P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
TM6 264 6.63x63 P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
TM6 265 6.64x64 P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
ECL3 266 - - - - -
ECL3 267 - P2Y12 receptor 4PXZ P2Y12 receptor 4PXZ
ECL3 268 - - - - -
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TM7 270 7.25x24 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 271 7.26x25 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 272 7.27x26 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 273 7.28x27 P2Y12 receptor 4NTJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 274 7.29x28 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 275 7.30x29 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 276 7.31x30 FPR2/ALX 6OMM US28 5WB1
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TM7 282 7.37x36 FPR2/ALX 6OMM P2Y12 receptor 4NTJ
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G-PROTEIN TEMPLATES

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