MT1 receptor - G(q) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAQ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 42%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 96%)

RECEPTOR TEMPLATES

6ME2 (MT1 receptor)
6OIJ (M1 receptor)
6ME6 (MT2 receptor)
6TO7 (OX1 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 77.2 14.5 8.3
Side-chains 17.8 70.0 12.2

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 37

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 18 - - - - -
N-term 19 - - - - -
N-term 20 - - - - -
N-term 21 - - - - -
N-term 22 - - - - -
TM1 23 1.28x28 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM1 24 1.29x29 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME3
TM1 25 1.30x30 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 26 1.31x31 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 27 1.32x32 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 28 1.33x33 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 29 1.34x34 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM1 30 1.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 31 1.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 32 1.37x37 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM1 33 1.38x38 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 34 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 35 1.40x40 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM1 36 1.41x41 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM1 37 1.42x42 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 38 1.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 39 1.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 40 1.45x45 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 41 1.46x46 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM1 42 1.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 43 1.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 44 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 45 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 46 1.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 47 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 48 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 49 1.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 50 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 51 1.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 52 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 53 1.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 54 1.59x59 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 55 1.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ICL1 56 12.48x48 - - - -
ICL1 57 12.49x49 MT1 receptor 6ME2 5-HT2C receptor 6BQG
ICL1 58 12.50x50 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ICL1 59 12.51x51 - - - -
TM2 60 2.37x37 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM2 61 2.38x38 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM2 62 2.39x39 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM2 63 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 64 2.41x41 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 65 2.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 66 2.43x43 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 67 2.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 68 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 69 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 70 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 71 2.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 72 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 73 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 74 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 75 2.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 76 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 77 2.54x54 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 78 2.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 79 2.56x551 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 80 2.57x56 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 81 2.58x57 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 82 2.59x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 83 2.60x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 84 2.61x60 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM2 85 2.62x61 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 86 2.63x62 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 87 2.64x63 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM2 88 2.65x64 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 89 2.66x65 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 90 2.67x66 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 91 2.68x67 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
ECL1 92 23.49x49 - - - -
ECL1 93 23.50x50 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL1 94 23.51x51 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL1 95 23.52x52 - - - -
TM3 96 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 97 3.22x22 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 98 3.23x23 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 99 3.24x24 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 100 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 101 3.26x26 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 102 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 103 3.28x28 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM3 104 3.29x29 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 105 3.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM3 106 3.31x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 107 3.32x32 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM3 108 3.33x33 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 109 3.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 110 3.35x35 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM3 111 3.36x36 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 112 3.37x37 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 113 3.38x38 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 114 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 115 3.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 116 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 117 3.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 118 3.43x43 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 119 3.44x44 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 120 3.45x45 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 121 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 122 3.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 123 3.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 124 3.49x49 M1 receptor 6OIJ PAF receptor 5ZKQ
TM3 125 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 126 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 127 3.52x52 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 128 3.53x53 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 129 3.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 130 3.55x55 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM3 131 3.56x56 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
ICL2 132 34.50x50 - - - -
ICL2 133 34.51x51 MT2 receptor 6ME6 A2A receptor 5G53
ICL2 134 34.52x52 MT2 receptor 6ME6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 135 34.53x53 MT2 receptor 6ME6 MT2 receptor 6ME6
ICL2 136 34.54x54 MT2 receptor 6ME6 - -
ICL2 137 34.55x55 MT2 receptor 6ME6 CCR5 6MEO
ICL2 138 34.56x56 MT2 receptor 6ME6 NTS1 receptor 4XEE
ICL2 139 34.57x57 - - - -
TM4 140 4.38x38 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM4 141 4.39x39 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM4 142 4.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 143 4.41x41 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 144 4.42x42 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME3
TM4 145 4.43x43 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM4 146 4.44x44 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM4 147 4.45x45 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM4 148 4.46x46 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 149 4.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 150 4.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 151 4.49x49 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM4 152 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 153 4.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 154 4.52x52 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 155 4.53x53 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM4 156 4.54x54 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 157 4.55x55 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 158 4.56x56 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM4 159 4.57x57 MT1 receptor 6ME2 succinate receptor 6RNK
TM4 160 4.58x59 MT1 receptor 6ME2 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 161 4.59x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 162 4.60x61 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM4 163 4.61x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 164 4.62x63 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME3
TM4 165 4.63x64 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM4 166 4.64x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
ECL2 167 - - - - -
ECL2 168 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 169 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 170 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 171 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 172 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 173 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 174 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 175 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 176 - - - - -
ECL2 177 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 178 45.51x51 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
ECL2 179 45.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
ECL2 180 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 181 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 182 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 183 - M1 receptor 6OIJ - -
TM5 184 5.35x36 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM5 185 5.36x37 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM5 186 5.37x38 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 187 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 188 5.39x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 189 5.40x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 190 5.41x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 191 5.42x43 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 192 5.43x44 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM5 193 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 194 5.45x46 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 195 5.46x461 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 196 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 197 5.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 198 5.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 199 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 200 5.51x51 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 201 5.52x52 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM5 202 5.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 203 5.54x54 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM5 204 5.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 205 5.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 206 5.57x57 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 207 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 208 5.59x59 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 209 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 210 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 211 5.62x62 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 212 5.63x63 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM5 213 5.64x64 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM5 214 5.65x65 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 215 5.66x66 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 216 5.67x67 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 217 5.68x68 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM5 218 5.69x69 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM5 219 5.70x70 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 220 5.71x71 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM5 221 5.72x72 M1 receptor 6OIJ - -
ICL3 222 - - - - -
ICL3 223 - - - - -
ICL3 224 - - - - -
ICL3 225 - - - - -
ICL3 226 - - - - -
TM6 227 6.24x24 OX1 receptor 6TO7 NTS1 receptor 5T04
TM6 228 6.25x25 OX1 receptor 6TO7 OX1 receptor 6TO7
TM6 229 6.26x26 OX1 receptor 6TO7 FFA1 receptor 5TZR
TM6 230 6.27x27 OX1 receptor 6TO7 - -
TM6 231 6.28x28 OX1 receptor 6TO7 - -
TM6 232 6.29x29 OX1 receptor 6TO7 ETB receptor 5X93
TM6 233 6.30x30 OX1 receptor 6TO7 CB1 receptor 5XRA
TM6 234 6.31x31 OX1 receptor 6TO7 MT1 receptor 6PS8
TM6 235 6.32x32 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 236 6.33x33 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 237 6.34x34 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM6 238 6.35x35 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 239 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 240 6.37x37 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 241 6.38x38 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 242 6.39x39 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM6 243 6.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 244 6.41x41 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 245 6.42x42 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM6 246 6.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 247 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 248 6.45x45 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 249 6.46x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 250 6.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 251 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 252 6.49x49 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 253 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 254 6.51x51 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 255 6.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 256 6.53x53 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 257 6.54x54 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 258 6.55x55 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 259 6.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 260 6.57x57 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 261 6.58x58 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 262 6.59x59 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM6 263 6.60x60 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 264 6.61x61 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
ECL3 265 - - - - -
ECL3 266 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 267 - MT1 receptor 6ME2 - -
ECL3 268 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 269 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 270 - MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 271 - MT1 receptor 6ME2 - -
ECL3 272 - - - - -
TM7 273 7.31x30 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 274 7.32x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 275 7.33x32 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM7 276 7.34x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 277 7.35x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM7 278 7.36x35 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM7 279 7.37x36 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM7 280 7.38x37 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM7 281 7.39x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 282 7.40x39 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM7 283 7.41x40 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM7 284 7.42x41 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM7 285 7.43x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 286 7.44x43 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM7 287 7.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 288 7.46x46 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 289 7.47x47 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM7 290 7.48x48 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
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TM7 292 7.50x50 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 293 7.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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