LGR6 - G(q) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAQ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 32%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 96%)

RECEPTOR TEMPLATES

6ME2 (MT1 receptor)
6OIJ (M1 receptor)
5VBL (apelin receptor)
6QZH (CCR7)
6J20 (NK1 receptor)
6J21 (NK1 receptor)
4PXZ (P2Y12 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
4ZWJ (Rhodopsin)
4Z35 (LPA1 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 76.1 13.6 10.3
Side-chains 14.3 54.8 30.9

Number of backbone templates: 10
Number of rotamer templates: 45

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 552 - - - - -
N-term 553 - - - - -
N-term 554 - - - - -
N-term 555 - - - - -
N-term 556 - - - - -
TM1 557 1.28x28 MT1 receptor 6ME2 - -
TM1 558 1.29x29 MT1 receptor 6ME2 5-HT1B receptor 6G79
TM1 559 1.30x30 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQS
TM1 560 1.31x31 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 561 1.32x32 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
TM1 562 1.33x33 M1 receptor 6OIJ CCR7 6QZH
TM1 563 1.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 564 1.35x35 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 565 1.36x36 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 566 1.37x37 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 567 1.38x38 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM1 568 1.39x39 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 569 1.40x40 M1 receptor 6OIJ CCR9 5LWE
TM1 570 1.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 571 1.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 572 1.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 573 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 574 1.45x45 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM1 575 1.46x46 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 576 1.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 577 1.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 578 1.49x49 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 579 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 580 1.51x51 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 581 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 582 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 583 1.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 584 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 585 1.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 586 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 587 1.58x58 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM1 588 1.59x59 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM1 589 1.60x60 M1 receptor 6OIJ - -
ICL1 590 - - - - -
ICL1 591 - apelin receptor 5VBL - -
ICL1 592 - apelin receptor 5VBL - -
ICL1 593 - apelin receptor 5VBL - -
ICL1 594 - - - - -
TM2 595 2.37x37 MT1 receptor 6ME2 - -
TM2 596 2.38x38 MT1 receptor 6ME2 Rhodopsin 4ZWJ
TM2 597 2.39x39 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM2 598 2.40x40 M1 receptor 6OIJ PAF receptor 5ZKQ
TM2 599 2.41x41 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 600 2.42x42 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 601 2.43x43 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 602 2.44x44 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM2 603 2.45x45 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 604 2.46x46 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 605 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 606 2.48x48 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM2 607 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 608 2.50x50 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM2 609 2.51x51 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM2 610 2.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM2 611 2.53x53 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM2 612 2.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 613 2.55x55 CCR7 6QZH 5-HT1B receptor 6G79
TM2 614 2.56x56 CCR7 6QZH M1 receptor 6OIJ
TM2 615 2.57x57 M1 receptor 6OIJ GPR52 6LI1
TM2 616 2.58x58 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 617 2.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 618 2.60x60 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM2 619 2.61x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 620 2.62x62 M1 receptor 6OIJ PAR1 3VW7
TM2 621 2.63x63 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM2 622 2.64x64 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM2 623 2.65x65 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM2 624 2.66x66 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM2 625 2.67x67 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 626 2.68x68 NK1 receptor 6J20 - -
ECL1 627 - - - - -
ECL1 628 - - - - -
ECL1 629 - - - - -
ECL1 630 - - - - -
ECL1 631 - - - - -
ECL1 632 - - - - -
ECL1 633 - - - - -
ECL1 634 - - - - -
TM3 635 3.18x18 P2Y12 receptor 4PXZ - -
TM3 636 3.19x19 P2Y12 receptor 4PXZ - -
TM3 637 3.20x20 P2Y12 receptor 4PXZ - -
TM3 638 3.21x21 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
TM3 639 3.22x22 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM3 640 3.23x23 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 641 3.24x24 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 642 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 643 3.26x26 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM3 644 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM3 645 3.28x28 M1 receptor 6OIJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM3 646 3.29x29 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 647 3.30x30 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 648 3.31x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 649 3.32x32 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 650 3.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 651 3.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 652 3.35x35 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 653 3.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 654 3.37x37 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 655 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 656 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 657 3.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 658 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 659 3.42x42 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 660 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 661 3.44x44 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 662 3.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 663 3.46x46 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM3 664 3.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 665 3.48x48 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 666 3.49x49 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM3 667 3.50x50 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 668 3.51x51 M1 receptor 6OIJ BLT1 receptor 5X33
TM3 669 3.52x52 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 670 3.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 671 3.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 672 3.55x55 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 673 3.56x56 M1 receptor 6OIJ - -
ICL2 674 34.50x50 - - - -
ICL2 675 34.51x51 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL2 676 34.52x52 β2-adrenoceptor 3SN6 CB1 receptor 6N4B
ICL2 677 34.53x53 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 678 34.54x54 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL2 679 34.55x55 β2-adrenoceptor 3SN6 BLT1 receptor 5X33
ICL2 680 34.56x56 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL2 681 34.57x57 - - - -
TM4 682 4.38x38 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM4 683 4.39x39 M1 receptor 6OIJ CCR7 6QZH
TM4 684 4.40x40 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM4 685 4.41x41 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM4 686 4.42x42 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
TM4 687 4.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 688 4.44x44 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM4 689 4.45x45 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 690 4.46x46 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 691 4.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 692 4.48x48 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM4 693 4.49x49 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 694 4.50x50 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 695 4.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 696 4.52x52 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 697 4.53x53 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 698 4.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 699 4.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 700 4.56x56 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM4 701 4.57x57 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 702 4.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 703 4.59x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 704 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 705 4.61x61 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 706 4.62x62 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 707 4.63x63 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 708 4.64x64 M1 receptor 6OIJ MT2 receptor 6ME6
ECL2 709 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 710 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 711 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 712 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 713 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 714 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 715 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 716 - M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 717 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 718 45.51x51 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
ECL2 719 45.52x52 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
ECL2 720 - - - - -
ECL2 721 - NK1 receptor 6J21 - -
ECL2 722 - NK1 receptor 6J21 NK1 receptor 6J21
ECL2 723 - NK1 receptor 6J21 - -
ECL2 724 - NK1 receptor 6J21 - -
ECL2 725 - NK1 receptor 6J21 - -
ECL2 726 - NK1 receptor 6J21 - -
ECL2 727 - - - - -
TM5 728 5.35x35 Rhodopsin 4ZWJ - -
TM5 729 5.36x36 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 730 5.37x37 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 731 5.38x38 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS0
TM5 732 5.39x39 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 733 5.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 734 5.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 735 5.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 736 5.43x43 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 737 5.44x44 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM5 738 5.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 5CXV
TM5 739 5.46x46 LPA1 receptor 4Z35 NTS1 receptor 5T04
TM5 740 5.47x47 LPA1 receptor 4Z35 LPA1 receptor 4Z35
TM5 741 5.48x48 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM5 742 5.49x49 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 743 5.50x50 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 744 5.51x51 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 745 5.52x52 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 746 5.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 747 5.54x54 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM5 748 5.55x55 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 749 5.56x56 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 750 5.57x57 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM5 751 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 752 5.59x59 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM5 753 5.60x60 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 754 5.61x61 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 755 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 756 5.63x63 M1 receptor 6OIJ ETB receptor 5X93
TM5 757 5.64x64 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 758 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 759 5.66x66 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 760 5.67x67 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ICL3 761 - - - - -
ICL3 762 - - - - -
ICL3 763 - - - - -
ICL3 764 - - - - -
ICL3 765 - - - - -
TM6 766 6.28x28 β2-adrenoceptor 3SN6 M5 receptor 6OL9
TM6 767 6.29x29 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
TM6 768 6.30x30 β2-adrenoceptor 3SN6 CB2 receptor 6KPF
TM6 769 6.31x31 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
TM6 770 6.32x32 M1 receptor 6OIJ S1P1 receptor 3V2Y
TM6 771 6.33x33 M1 receptor 6OIJ EP4 receptor 5YWY
TM6 772 6.34x34 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM6 773 6.35x35 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 774 6.36x36 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 775 6.37x37 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM6 776 6.38x38 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 777 6.39x39 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 778 6.40x40 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM6 779 6.41x41 M1 receptor 6OIJ BLT1 receptor 5X33
TM6 780 6.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 781 6.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 782 6.44x44 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 783 6.45x45 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 784 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 785 6.47x47 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM6 786 6.48x48 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM6 787 6.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 788 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 789 6.51x51 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM6 790 6.52x52 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM6 791 6.53x53 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 792 6.54x54 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM6 793 6.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 794 6.56x56 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM6 795 6.57x57 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 796 6.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 797 6.59x59 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM6 798 6.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 799 6.61x61 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
ECL3 800 - - - - -
ECL3 801 - Rhodopsin 4ZWJ - -
ECL3 802 - Rhodopsin 4ZWJ - -
ECL3 803 - Rhodopsin 4ZWJ - -
ECL3 804 - - - - -
TM7 805 7.31x30 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 806 7.32x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 807 7.33x32 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM7 808 7.34x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 809 7.35x34 M1 receptor 6OIJ P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 810 7.36x35 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM7 811 7.37x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM7 812 7.38x37 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 813 7.39x38 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM7 814 7.40x39 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM7 815 7.41x40 M1 receptor 6OIJ PAR1 3VW7
TM7 816 7.42x41 M1 receptor 6OIJ PAF receptor 5ZKQ
TM7 817 7.43x42 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 818 7.44x43 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM7 819 7.45x45 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 820 7.46x46 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM7 821 7.47x47 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM7 822 7.48x48 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM7 823 7.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 824 7.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 825 7.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 826 7.52x52 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM7 827 7.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 828 7.54x54 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 829 7.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 830 7.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
H8 831 8.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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