GPR88 - G(q) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAQ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 34%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 96%)

RECEPTOR TEMPLATES

6OIJ (M1 receptor)
5CXV (M1 receptor)
6TO7 (OX1 receptor)
4PXZ (P2Y12 receptor)
4IAQ (5-HT1B receptor)
4UHR (A2A receptor)
6ME6 (MT2 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 68.5 9.5 22.0
Side-chains 12.5 50.0 37.5

Number of backbone templates: 7
Number of rotamer templates: 50

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 26 - - - - -
N-term 27 - - - - -
N-term 28 - - - - -
N-term 29 - - - - -
N-term 30 - M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 31 1.32x32 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 32 1.33x33 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 33 1.34x34 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 34 1.35x35 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 35 1.36x36 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 36 1.37x37 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 37 1.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 38 1.39x39 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 39 1.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 40 1.41x41 M1 receptor 6OIJ PAR1 3VW7
TM1 41 1.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 42 1.43x43 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM1 43 1.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 44 1.45x45 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM1 45 1.46x46 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 46 1.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 47 1.48x48 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM1 48 1.49x49 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
TM1 49 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 50 1.51x51 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 51 1.52x52 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM1 52 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 53 1.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 54 1.55x55 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 55 1.56x56 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 56 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 57 1.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 58 1.59x59 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 59 1.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ICL1 60 12.48x48 - - - -
ICL1 61 12.49x49 OX1 receptor 6TO7 5-HT2C receptor 6BQG
ICL1 62 12.50x50 OX1 receptor 6TO7 5-HT1B receptor 6G79
ICL1 63 12.51x51 - - - -
TM2 64 2.37x37 OX1 receptor 6TO7 OX1 receptor 6TO7
TM2 65 2.38x38 OX1 receptor 6TO7 NTS1 receptor 6PWC
TM2 66 2.39x39 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6KPG
TM2 67 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 68 2.41x41 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 69 2.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 70 2.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 71 2.44x44 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM2 72 2.45x45 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 73 2.46x46 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 74 2.47x47 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 75 2.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 76 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 77 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 78 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 79 2.52x52 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM2 80 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 81 2.54x54 M1 receptor 6OIJ C5a1 receptor 5O9H
TM2 82 2.55x55 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM2 83 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 84 2.57x56 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM2 85 2.58x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 86 2.59x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 87 2.60x59 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 88 2.61x60 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM2 89 2.62x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 90 2.63x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 91 2.64x63 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 92 2.65x64 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 93 2.66x65 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 94 2.67x66 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM2 95 2.68x67 M1 receptor 6OIJ - -
ECL1 96 - - - - -
ECL1 97 - - - - -
ECL1 98 - - - - -
ECL1 99 - - - - -
ECL1 100 - - - - -
ECL1 101 - - - - -
ECL1 102 - - - - -
ECL1 103 - - - - -
ECL1 104 - - - - -
ECL1 105 - - - - -
TM3 106 3.18x18 P2Y12 receptor 4PXZ - -
TM3 107 3.19x19 P2Y12 receptor 4PXZ - -
TM3 108 3.20x20 P2Y12 receptor 4PXZ - -
TM3 109 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 110 3.22x22 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM3 111 3.23x23 M1 receptor 6OIJ OX2 receptor 5WS3
TM3 112 3.24x24 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM3 113 3.25x25 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 114 3.26x26 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM3 115 3.27x27 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 116 3.28x28 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
TM3 117 3.29x29 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 118 3.30x30 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM3 119 3.31x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 120 3.32x32 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM3 121 3.33x33 M1 receptor 6OIJ MT2 receptor 6ME6
TM3 122 3.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 123 3.35x35 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 124 3.36x36 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 125 3.37x37 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 126 3.38x38 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM3 127 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 128 3.40x40 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 129 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 130 3.42x42 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM3 131 3.43x43 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 132 3.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 133 3.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 134 3.46x46 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM3 135 3.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 136 3.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 137 3.49x49 M1 receptor 6OIJ PAF receptor 5ZKQ
TM3 138 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 139 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 140 3.52x52 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 141 3.53x53 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM3 142 3.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 143 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 144 3.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ICL2 145 - - - - -
ICL2 146 34.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ CB1 receptor 6N4B
ICL2 147 34.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ C5a1 receptor 5O9H
ICL2 148 34.52x52 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
ICL2 149 34.53x53 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 150 34.54x54 5-HT1B receptor 4IAQ β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 151 34.55x55 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 152 34.56x56 5-HT1B receptor 4IAQ β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 153 34.57x57 - - - -
TM4 154 4.38x38 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 155 4.39x39 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM4 156 4.40x40 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM4 157 4.41x41 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 158 4.42x42 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM4 159 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 160 4.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 161 4.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 162 4.46x46 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM4 163 4.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 164 4.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 165 4.49x49 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 166 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 167 4.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 168 4.52x52 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM4 169 4.53x53 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM4 170 4.54x54 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM4 171 4.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 172 4.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 173 4.57x57 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM4 174 4.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 175 4.59x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 176 4.60x60 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 177 4.61x61 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 178 4.62x62 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 179 4.63x63 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 180 4.64x64 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
ECL2 181 - - - - -
ECL2 182 - - - - -
ECL2 183 - - - - -
ECL2 184 - - - - -
ECL2 185 - - - - -
ECL2 186 - - - - -
ECL2 187 - - - - -
ECL2 188 - - - - -
ECL2 189 - - - - -
ECL2 190 - - - - -
ECL2 191 - - - - -
ECL2 192 - - - - -
ECL2 193 - - - - -
ECL2 194 - - - - -
ECL2 195 - - - - -
ECL2 196 - - - - -
ECL2 197 - - - - -
ECL2 198 - - - - -
ECL2 199 - - - - -
ECL2 200 - - - - -
ECL2 201 - - - - -
ECL2 202 - - - - -
ECL2 203 - - - - -
ECL2 204 - - - - -
ECL2 205 - - - - -
ECL2 206 - - - - -
ECL2 207 - - - - -
ECL2 208 - - - - -
ECL2 209 - - - - -
ECL2 210 - - - - -
ECL2 211 - - - - -
ECL2 212 - - - - -
ECL2 213 - - - - -
ECL2 214 - - - - -
ECL2 215 - - - - -
ECL2 216 - - - - -
ECL2 217 - - - - -
ECL2 218 - - - - -
ECL2 219 - - - - -
ECL2 220 - - - - -
ECL2 221 - - - - -
ECL2 222 - - - - -
TM5 223 5.35x36 M1 receptor 6OIJ H1 receptor 3RZE
TM5 224 5.36x37 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM5 225 5.37x38 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 226 5.38x39 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM5 227 5.39x40 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 228 5.40x41 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 229 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Y1 receptor 5ZBH
TM5 230 5.42x43 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM5 231 5.43x44 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM5 232 5.44x45 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 233 5.45x46 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 234 5.46x461 M1 receptor 6OIJ GPR52 6LI1
TM5 235 5.47x47 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 236 5.48x48 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 237 5.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 238 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 239 5.51x51 M1 receptor 6OIJ CXCR4 3ODU
TM5 240 5.52x52 M1 receptor 6OIJ OX2 receptor 5WS3
TM5 241 5.53x53 M1 receptor 6OIJ CCR7 6QZH
TM5 242 5.54x54 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 4BUO
TM5 243 5.55x55 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 244 5.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 245 5.57x57 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM5 246 5.58x58 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 247 5.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 248 5.60x60 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 249 5.61x61 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 250 5.62x62 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM5 251 5.63x63 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 252 5.64x64 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 253 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 254 5.66x66 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 255 5.67x67 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 256 5.68x68 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 257 5.69x69 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6OMM
TM5 258 5.70x70 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 259 5.71x71 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM5 260 5.72x72 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6UP7
TM5 261 5.73x73 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 262 5.74x74 M1 receptor 6OIJ - -
ICL3 263 - - - - -
ICL3 264 - - - - -
ICL3 265 - - - - -
ICL3 266 - - - - -
ICL3 267 - - - - -
ICL3 268 - - - - -
ICL3 269 - - - - -
TM6 270 6.21x21 A2A receptor 4UHR - -
TM6 271 6.22x22 A2A receptor 4UHR - -
TM6 272 6.23x23 A2A receptor 4UHR - -
TM6 273 6.24x24 A2A receptor 4UHR - -
TM6 274 6.25x25 A2A receptor 4UHR - -
TM6 275 6.26x26 A2A receptor 4UHR NTS1 receptor 5T04
TM6 276 6.27x27 A2A receptor 4UHR AT2 receptor 6JOD
TM6 277 6.28x28 A2A receptor 4UHR 5-HT1B receptor 6G79
TM6 278 6.29x29 A2A receptor 4UHR CXCR4 3ODU
TM6 279 6.30x30 A2A receptor 4UHR AT2 receptor 6JOD
TM6 280 6.31x31 A2A receptor 4UHR μ receptor 5C1M
TM6 281 6.32x32 M1 receptor 6OIJ FFA1 receptor 5TZY
TM6 282 6.33x33 M1 receptor 6OIJ MT2 receptor 6ME7
TM6 283 6.34x34 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 284 6.35x35 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM6 285 6.36x36 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 286 6.37x37 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM6 287 6.38x38 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 288 6.39x39 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM6 289 6.40x40 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM6 290 6.41x41 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 291 6.42x42 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM6 292 6.43x43 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM6 293 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 294 6.45x45 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM6 295 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 296 6.47x47 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 297 6.48x48 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 298 6.49x49 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 299 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 300 6.51x51 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM6 301 6.52x52 M1 receptor 6OIJ EP4 receptor 5YWY
TM6 302 6.53x53 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 303 6.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 304 6.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 305 6.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 306 6.57x57 M1 receptor 6OIJ MT2 receptor 6ME6
TM6 307 6.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 308 6.59x59 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM6 309 6.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 310 6.61x61 M1 receptor 6OIJ - -
ECL3 311 - - - - -
ECL3 312 - M1 receptor 5CXV - -
ECL3 313 - M1 receptor 5CXV - -
ECL3 314 - - - - -
TM7 315 7.32x31 M1 receptor 6OIJ DP2 receptor 6D27
TM7 316 7.33x32 M1 receptor 6OIJ MT2 receptor 6ME6
TM7 317 7.34x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 318 7.35x34 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 319 7.36x35 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM7 320 7.37x36 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM7 321 7.38x37 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM7 322 7.39x38 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 323 7.40x39 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM7 324 7.41x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 325 7.42x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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