D5 receptor - subunit alpha-11 complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNA11

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 49%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 100%)

RECEPTOR TEMPLATES

3P0G (β2-adrenoceptor)
5JQH (β2-adrenoceptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
6OIJ (M1 receptor)
6LI1 (GPR52)
6OL9 (M5 receptor)
4ZUD (AT1 receptor)
3ODU (CXCR4)
5UIW (CCR5)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 67.8 12.3 19.9
Side-chains 20.8 52.6 26.6

Number of backbone templates: 9
Number of rotamer templates: 44

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 28 - - - - -
N-term 29 - - - - -
N-term 30 - - - - -
N-term 31 - - - - -
N-term 32 - - - - -
TM1 33 1.25x25 β2-adrenoceptor 3P0G succinate receptor 6RNK
TM1 34 1.26x26 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 35 1.27x27 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 36 1.28x28 β2-adrenoceptor 3P0G US28 5WB1
TM1 37 1.29x29 β2-adrenoceptor 3P0G CB2 receptor 6PT0
TM1 38 1.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 39 1.31x31 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM1 40 1.32x32 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM1 41 1.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 42 1.34x34 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 43 1.35x35 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM1 44 1.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 45 1.37x37 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM1 46 1.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 47 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 48 1.40x40 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 49 1.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 50 1.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 51 1.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 52 1.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 53 1.45x45 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 54 1.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 55 1.47x47 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM1 56 1.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 57 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 58 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 59 1.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 60 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 61 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 62 1.54x54 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 63 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 64 1.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 65 1.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 66 1.58x58 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 67 1.59x59 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 68 1.60x60 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6KPG
ICL1 69 12.48x48 - - - -
ICL1 70 12.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH M2 receptor 4MQT
ICL1 71 12.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ICL1 72 12.51x51 - - - -
TM2 73 2.36x36 GPR52 6LI1 - -
TM2 74 2.37x37 GPR52 6LI1 5-HT2A receptor 6A93
TM2 75 2.38x38 GPR52 6LI1 CCR5 5UIW
TM2 76 2.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 77 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 78 2.41x41 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM2 79 2.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 80 2.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 81 2.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 82 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 83 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 84 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 85 2.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 86 2.49x49 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM2 87 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 88 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 89 2.52x52 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM2 90 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 91 2.54x54 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 92 2.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 93 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 94 2.57x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 95 2.58x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 96 2.59x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 97 2.60x59 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 98 2.61x60 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM2 99 2.62x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 100 2.63x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 101 2.64x63 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM2 102 2.65x64 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 103 2.66x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ECL1 104 - - - - -
ECL1 105 - - - - -
ECL1 106 23.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH M2 receptor 4MQT
ECL1 107 23.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ECL1 108 23.51x51 β2-adrenoceptor 5JQH 5-HT2B receptor 5TUD
ECL1 109 23.52x52 - - - -
TM3 110 3.22x22 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM3 111 3.23x23 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM3 112 3.24x24 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM3 113 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 114 3.26x26 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM3 115 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 116 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 117 3.29x29 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM3 118 3.30x30 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 119 3.31x31 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 120 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 121 3.33x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 122 3.34x34 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM3 123 3.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 124 3.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 125 3.37x37 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 126 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 127 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 128 3.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 129 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 130 3.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 131 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 132 3.44x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 133 3.45x45 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 134 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 135 3.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 136 3.48x48 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 137 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 138 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 139 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 140 3.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 141 3.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 142 3.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 143 3.55x55 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 144 3.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ICL2 145 34.50x50 - - - -
ICL2 146 34.51x51 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 147 34.52x52 β2-adrenoceptor 3SN6 A2A receptor 5G53
ICL2 148 34.53x53 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 149 34.54x54 β2-adrenoceptor 3SN6 A1 receptor 6D9H
ICL2 150 34.55x55 β2-adrenoceptor 3SN6 CB1 receptor 5XRA
ICL2 151 34.56x56 β2-adrenoceptor 3SN6 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 152 34.57x57 - - - -
TM4 153 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 154 4.39x39 M1 receptor 6OIJ CysLT1 receptor 6RZ4
TM4 155 4.40x40 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM4 156 4.41x41 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQS
TM4 157 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 158 4.43x43 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM4 159 4.44x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 160 4.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 161 4.46x46 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 162 4.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 163 4.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 164 4.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 165 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 166 4.51x51 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM4 167 4.52x52 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM4 168 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 169 4.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 170 4.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 171 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 172 4.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 173 4.58x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 174 4.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 175 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 176 4.61x61 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 177 4.62x62 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 178 4.63x63 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM4 179 4.64x64 M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 180 - - - - -
ECL2 181 - - - - -
ECL2 182 - - - - -
ECL2 183 - - - - -
ECL2 184 - - - - -
ECL2 185 - - - - -
ECL2 186 - - - - -
ECL2 187 - - - - -
ECL2 188 - - - - -
ECL2 189 - - - - -
ECL2 190 - - - - -
ECL2 191 - - - - -
ECL2 192 - - - - -
ECL2 193 - - - - -
ECL2 194 - - - - -
ECL2 195 - - - - -
ECL2 196 - - - - -
ECL2 197 - - - - -
ECL2 198 - - - - -
ECL2 199 - - - - -
ECL2 200 - - - - -
ECL2 201 - - - - -
ECL2 202 - - - - -
ECL2 203 - - - - -
ECL2 204 - - - - -
ECL2 205 - - - - -
ECL2 206 - - - - -
ECL2 207 - - - - -
ECL2 208 - - - - -
ECL2 209 - - - - -
ECL2 210 - - - - -
ECL2 211 - - - - -
ECL2 212 - - - - -
ECL2 213 - - - - -
ECL2 214 - - - - -
ECL2 215 - - - - -
ECL2 216 - - - - -
ECL2 217 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 218 45.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
ECL2 219 45.52x52 M1 receptor 6OIJ CCR5 5UIW
ECL2 220 - - - - -
ECL2 221 - - - - -
TM5 222 5.35x36 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 223 5.36x37 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM5 224 5.37x38 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM5 225 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 226 5.39x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 227 5.40x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 228 5.41x42 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 229 5.42x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 230 5.43x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 231 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 232 5.45x46 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM5 233 5.46x461 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 234 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 235 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 236 5.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 237 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 238 5.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 239 5.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 240 5.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 241 5.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 242 5.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 243 5.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 244 5.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 245 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 246 5.59x59 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM5 247 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 248 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 249 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 250 5.63x63 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 251 5.64x64 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM5 252 5.65x65 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 253 5.66x66 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 254 5.67x67 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM5 255 5.68x68 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 256 5.69x69 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 257 5.70x70 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 258 5.71x71 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM5 259 5.72x72 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 260 5.73x73 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 261 5.74x74 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 4UHR
TM5 262 5.75x75 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 263 5.76x76 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL3 264 - - - - -
ICL3 265 - - - - -
ICL3 266 - - - - -
ICL3 267 - - - - -
ICL3 268 - - - - -
ICL3 280 - - - - -
ICL3 281 - - - - -
ICL3 282 - - - - -
ICL3 283 - - - - -
ICL3 284 - - - - -
TM6 285 6.24x24 M5 receptor 6OL9 A2A receptor 4UHR
TM6 286 6.25x25 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 287 6.26x26 M5 receptor 6OL9 5-HT2A receptor 6A94
TM6 288 6.27x27 M5 receptor 6OL9 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 289 6.28x28 M5 receptor 6OL9 Rhodopsin 4ZWJ
TM6 290 6.29x29 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 291 6.30x30 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 292 6.31x31 M5 receptor 6OL9 EP3 receptor 6AK3
TM6 293 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 294 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 295 6.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 296 6.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 297 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 298 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 299 6.38x38 M1 receptor 6OIJ M3 receptor 5ZHP
TM6 300 6.39x39 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 301 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 302 6.41x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 303 6.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 304 6.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 305 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 306 6.45x45 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 307 6.46x46 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 308 6.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 309 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 310 6.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 311 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 312 6.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 313 6.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 314 6.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 315 6.54x54 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 316 6.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 317 6.56x56 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 318 6.57x57 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM6 319 6.58x58 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 320 6.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM6 321 6.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
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ECL3 328 - CXCR4 3ODU - -
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C-term 378 - - - - -
C-term 379 - - - - -
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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S1 42 G.S1.04 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
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S1 44 G.S1.06 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
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