β3-adrenoceptor - subunit alpha-11 complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNA11

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 48%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 100%)

RECEPTOR TEMPLATES

3P0G (β2-adrenoceptor)
5JQH (β2-adrenoceptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
6OIJ (M1 receptor)
6OL9 (M5 receptor)
5WIV (D4 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 74.2 10.2 15.6
Side-chains 24.2 53.8 22.0

Number of backbone templates: 6
Number of rotamer templates: 35

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 25 - - - - -
N-term 26 - - - - -
N-term 27 - - - - -
N-term 28 - - - - -
N-term 29 - - - - -
TM1 30 1.25x25 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 31 1.26x26 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 32 1.27x27 β2-adrenoceptor 3P0G FPR2/ALX 6LW5
TM1 33 1.28x28 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 34 1.29x29 β2-adrenoceptor 3P0G Rhodopsin 4ZWJ
TM1 35 1.30x30 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 36 1.31x31 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 37 1.32x32 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 38 1.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 39 1.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 40 1.35x35 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 41 1.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 42 1.37x37 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 43 1.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 44 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 45 1.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 46 1.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 47 1.42x42 M1 receptor 6OIJ DP2 receptor 6D27
TM1 48 1.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 49 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 50 1.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 51 1.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 52 1.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 53 1.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 54 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 55 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 56 1.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 57 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 58 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 59 1.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 60 1.55x55 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 61 1.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 62 1.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 63 1.58x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 64 1.59x59 M1 receptor 6OIJ US28 4XT1
TM1 65 1.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ICL1 66 12.48x48 - - - -
ICL1 67 12.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 4LDE
ICL1 68 12.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ICL1 69 12.51x51 - - - -
TM2 70 2.37x37 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
TM2 71 2.38x38 β2-adrenoceptor 5JQH CCR7 6QZH
TM2 72 2.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 73 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 74 2.41x41 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM2 75 2.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 76 2.43x43 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 77 2.44x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 78 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 79 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 80 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 81 2.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 82 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 83 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 84 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 85 2.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 86 2.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 87 2.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 88 2.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 89 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 90 2.57x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 91 2.58x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 92 2.59x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 93 2.60x59 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 94 2.61x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 95 2.62x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 96 2.63x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 97 2.64x63 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 98 2.65x64 M1 receptor 6OIJ CCR2 5T1A
TM2 99 2.66x65 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 100 2.67x66 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ECL1 101 - - - - -
ECL1 102 23.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH M1 receptor 6OIJ
ECL1 103 23.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ECL1 104 23.51x51 β2-adrenoceptor 5JQH 5-HT2C receptor 6BQG
ECL1 105 23.52x52 - - - -
TM3 106 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 107 3.22x22 M1 receptor 6OIJ M4 receptor 6KP6
TM3 108 3.23x23 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 109 3.24x24 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 110 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 111 3.26x26 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 112 3.27x27 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 113 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 114 3.29x29 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 115 3.30x30 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 116 3.31x31 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM3 117 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 118 3.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 119 3.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 120 3.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 121 3.36x36 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 122 3.37x37 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 123 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 124 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 125 3.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 126 3.41x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 127 3.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 128 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 129 3.44x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 130 3.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 131 3.46x46 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM3 132 3.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 133 3.48x48 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 134 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 135 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 136 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 137 3.52x52 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 138 3.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 139 3.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 140 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 141 3.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
ICL2 142 34.50x50 - - - -
ICL2 143 34.51x51 β2-adrenoceptor 3SN6 A2A receptor 5G53
ICL2 144 34.52x52 β2-adrenoceptor 3SN6 A2A receptor 5G53
ICL2 145 34.53x53 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 146 34.54x54 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL2 147 34.55x55 β2-adrenoceptor 3SN6 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 148 34.56x56 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 149 34.57x57 - - - -
TM4 150 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 151 4.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 152 4.40x40 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 153 4.41x41 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 154 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 155 4.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 156 4.44x44 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 157 4.45x45 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM4 158 4.46x46 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 159 4.47x47 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 160 4.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 161 4.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 162 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 163 4.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 164 4.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 165 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 166 4.54x54 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM4 167 4.55x55 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 168 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 169 4.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 170 4.58x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 171 4.59x59 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM4 172 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 173 4.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 174 4.62x62 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM4 175 4.63x63 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 176 4.64x64 M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 177 - - - - -
ECL2 178 - - - - -
ECL2 179 - - - - -
ECL2 180 - - - - -
ECL2 181 - - - - -
ECL2 182 - - - - -
ECL2 183 - - - - -
ECL2 184 - - - - -
ECL2 185 - - - - -
ECL2 186 - - - - -
ECL2 187 - - - - -
ECL2 188 - - - - -
ECL2 189 - - - - -
ECL2 190 - - - - -
ECL2 191 - - - - -
ECL2 192 - - - - -
ECL2 193 - - - - -
ECL2 194 - - - - -
ECL2 195 - - - - -
ECL2 196 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 197 45.51x51 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
ECL2 198 45.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
ECL2 199 - - - - -
ECL2 200 - - - - -
TM5 201 5.35x36 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 202 5.36x37 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 203 5.37x38 M1 receptor 6OIJ FFA1 receptor 5TZY
TM5 204 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 205 5.39x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 206 5.40x41 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 207 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Y1 receptor 5ZBH
TM5 208 5.42x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 209 5.43x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 210 5.44x45 M1 receptor 6OIJ ETB receptor 5X93
TM5 211 5.45x46 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 212 5.46x461 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 213 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 214 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 215 5.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 216 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 217 5.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 218 5.52x52 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 219 5.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 220 5.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 221 5.55x55 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 222 5.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 223 5.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 224 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 225 5.59x59 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM5 226 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 227 5.61x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 228 5.62x62 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 229 5.63x63 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 230 5.64x64 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 231 5.65x65 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 232 5.66x66 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM5 233 5.67x67 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 234 5.68x68 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 235 5.69x69 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 236 5.70x70 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 237 5.71x71 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 238 5.72x72 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 239 5.73x73 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 240 5.74x74 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 241 5.75x75 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 242 5.76x76 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL3 243 - - - - -
ICL3 244 - - - - -
ICL3 245 - - - - -
ICL3 246 - - - - -
ICL3 247 - - - - -
ICL3 276 - - - - -
ICL3 277 - - - - -
ICL3 278 - - - - -
ICL3 279 - - - - -
ICL3 280 - - - - -
TM6 281 6.24x24 M5 receptor 6OL9 A2A receptor 4UHR
TM6 282 6.25x25 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 283 6.26x26 M5 receptor 6OL9 FFA1 receptor 5TZR
TM6 284 6.27x27 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 285 6.28x28 M5 receptor 6OL9 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 286 6.29x29 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 287 6.30x30 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 288 6.31x31 M5 receptor 6OL9 β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 289 6.32x32 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 290 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 291 6.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 292 6.35x35 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 293 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 294 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 295 6.38x38 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 296 6.39x39 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 297 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 298 6.41x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 299 6.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 300 6.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 301 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 302 6.45x45 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 303 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 304 6.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 305 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 306 6.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 307 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 308 6.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 309 6.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 310 6.53x53 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM6 311 6.54x54 M1 receptor 6OIJ ETB receptor 5X93
TM6 312 6.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 313 6.56x56 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM6 314 6.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 315 6.58x58 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM6 316 6.59x59 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 317 6.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 318 6.61x61 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
ECL3 319 - - - - -
ECL3 320 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 321 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 322 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 323 - - - - -
TM7 324 7.31x30 β2-adrenoceptor 5JQH A2A receptor 5G53
TM7 325 7.32x31 M1 receptor 6OIJ 5-HT2A receptor 6A94
TM7 326 7.33x32 M1 receptor 6OIJ - -
TM7 327 7.34x33 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM7 328 7.35x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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