β1-adrenoceptor - G(q) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAQ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 52%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 96%)

RECEPTOR TEMPLATES

3P0G (β2-adrenoceptor)
5JQH (β2-adrenoceptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
2RH1 (β2-adrenoceptor)
6OIJ (M1 receptor)
6OL9 (M5 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 74.8 14.8 10.3
Side-chains 23.2 61.0 15.8

Number of backbone templates: 6
Number of rotamer templates: 37

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 46 - - - - -
N-term 47 - - - - -
N-term 48 - - - - -
N-term 49 - - - - -
N-term 50 - - - - -
TM1 51 1.25x25 β2-adrenoceptor 3P0G CXCR4 4RWS
TM1 52 1.26x26 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 53 1.27x27 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 54 1.28x28 β2-adrenoceptor 3P0G δ receptor 4EJ4
TM1 55 1.29x29 β2-adrenoceptor 3P0G CCR9 5LWE
TM1 56 1.30x30 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM1 57 1.31x31 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 58 1.32x32 M1 receptor 6OIJ PAR1 3VW7
TM1 59 1.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 60 1.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 61 1.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 62 1.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 63 1.37x37 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 64 1.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 65 1.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 66 1.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 67 1.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 68 1.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 69 1.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 70 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 71 1.45x45 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 72 1.46x46 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 73 1.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 74 1.48x48 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 75 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 76 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 77 1.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 78 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 79 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 80 1.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 81 1.55x55 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 82 1.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 83 1.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 84 1.58x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 85 1.59x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 86 1.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ICL1 87 12.48x48 - - - -
ICL1 88 12.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 4LDE
ICL1 89 12.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ICL1 90 12.51x51 - - - -
TM2 91 2.37x37 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
TM2 92 2.38x38 β2-adrenoceptor 5JQH CCR2 5T1A
TM2 93 2.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 94 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 95 2.41x41 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM2 96 2.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 97 2.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 98 2.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM2 99 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 100 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 101 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 102 2.48x48 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 103 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 104 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 105 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 106 2.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 107 2.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 108 2.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 109 2.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 110 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 111 2.57x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 112 2.58x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 113 2.59x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 114 2.60x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 115 2.61x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 116 2.62x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 117 2.63x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 118 2.64x63 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 119 2.65x64 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 120 2.66x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 121 2.67x66 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
ECL1 122 - - - - -
ECL1 123 23.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH AT1 receptor 6OS2
ECL1 124 23.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ECL1 125 23.51x51 β2-adrenoceptor 5JQH DP2 receptor 6D27
ECL1 126 23.52x52 - - - -
TM3 127 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 128 3.22x22 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM3 129 3.23x23 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 130 3.24x24 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM3 131 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 132 3.26x26 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 133 3.27x27 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 134 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 135 3.29x29 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 136 3.30x30 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 137 3.31x31 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 138 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 139 3.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 140 3.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 141 3.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 142 3.36x36 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 143 3.37x37 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 144 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 145 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 146 3.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 147 3.41x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 148 3.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 149 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 150 3.44x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 151 3.45x45 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 152 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 153 3.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 154 3.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 155 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 156 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 157 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 158 3.52x52 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 159 3.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 160 3.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 161 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 162 3.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 163 34.50x50 - - - -
ICL2 164 34.51x51 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 165 34.52x52 β2-adrenoceptor 3SN6 A2A receptor 5G53
ICL2 166 34.53x53 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 167 34.54x54 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 168 34.55x55 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 169 34.56x56 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 170 34.57x57 - - - -
TM4 171 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 172 4.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 173 4.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 174 4.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 175 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 176 4.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 177 4.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 178 4.45x45 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM4 179 4.46x46 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM4 180 4.47x47 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM4 181 4.48x48 M1 receptor 6OIJ CCR9 5LWE
TM4 182 4.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 183 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 184 4.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 185 4.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 186 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 187 4.54x54 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM4 188 4.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 189 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 190 4.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 191 4.58x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 192 4.59x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 193 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 194 4.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 195 4.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 196 4.63x63 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 197 4.64x64 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ECL2 198 - - - - -
ECL2 199 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 200 - β2-adrenoceptor 2RH1 β2-adrenoceptor 2RH1
ECL2 201 - β2-adrenoceptor 2RH1 β2-adrenoceptor 2RH1
ECL2 202 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 203 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 204 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 205 - β2-adrenoceptor 2RH1 β2-adrenoceptor 2RH1
ECL2 206 - β2-adrenoceptor 2RH1 β2-adrenoceptor 2RH1
ECL2 207 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 208 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 209 - β2-adrenoceptor 2RH1 β2-adrenoceptor 2RH1
ECL2 210 - β2-adrenoceptor 2RH1 β2-adrenoceptor 2RH1
ECL2 211 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 212 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 213 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 214 - β2-adrenoceptor 2RH1 - -
ECL2 215 - - - - -
ECL2 216 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 217 45.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
ECL2 218 45.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
ECL2 219 - - - - -
ECL2 220 - - - - -
TM5 221 5.35x36 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 222 5.36x37 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM5 223 5.37x38 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 224 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 225 5.39x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 226 5.40x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 227 5.41x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 228 5.42x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 229 5.43x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 230 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 231 5.45x46 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 232 5.46x461 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 233 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 234 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 235 5.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 236 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 237 5.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 238 5.52x52 M1 receptor 6OIJ OX2 receptor 5WS3
TM5 239 5.53x53 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 240 5.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 241 5.55x55 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 242 5.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 243 5.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 244 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 245 5.59x59 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 246 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 247 5.61x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 248 5.62x62 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 249 5.63x63 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 250 5.64x64 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 251 5.65x65 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 252 5.66x66 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 253 5.67x67 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 254 5.68x68 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 255 5.69x69 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM5 256 5.70x70 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6LUQ
TM5 257 5.71x71 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 258 5.72x72 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 259 5.73x73 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 260 5.74x74 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 4UHR
ICL3 261 - - - - -
ICL3 262 - - - - -
ICL3 263 - - - - -
ICL3 264 - - - - -
ICL3 265 - - - - -
ICL3 308 - - - - -
ICL3 309 - - - - -
ICL3 310 - - - - -
ICL3 311 - - - - -
ICL3 312 - - - - -
TM6 313 6.24x24 M5 receptor 6OL9 A2A receptor 4UHR
TM6 314 6.25x25 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 315 6.26x26 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 316 6.27x27 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 317 6.28x28 M5 receptor 6OL9 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 318 6.29x29 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 319 6.30x30 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 320 6.31x31 M5 receptor 6OL9 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 321 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 322 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 323 6.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 324 6.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 325 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 326 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 327 6.38x38 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 328 6.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 329 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 330 6.41x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 331 6.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 332 6.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 333 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 334 6.45x45 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 335 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 336 6.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 337 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 338 6.49x49 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 339 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 340 6.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 341 6.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 342 6.53x53 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM6 343 6.54x54 M1 receptor 6OIJ ETB receptor 5X93
TM6 344 6.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 345 6.56x56 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM6 346 6.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 347 6.58x58 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM6 348 6.59x59 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 349 6.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 350 6.61x61 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
ECL3 351 - - - - -
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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