α1D-adrenoceptor - subunit alpha-11 complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNA11

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 54%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 100%)

RECEPTOR TEMPLATES

3P0G (β2-adrenoceptor)
5JQH (β2-adrenoceptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
6OIJ (M1 receptor)
6BQH (5-HT2C receptor)
6OL9 (M5 receptor)
5WIV (D4 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 76.6 12.8 10.5
Side-chains 25.7 57.2 17.1

Number of backbone templates: 7
Number of rotamer templates: 45

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 84 - - - - -
N-term 85 - - - - -
N-term 86 - - - - -
N-term 87 - - - - -
N-term 88 - - - - -
TM1 89 1.25x25 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 90 1.26x26 β2-adrenoceptor 3P0G succinate receptor 6RNK
TM1 91 1.27x27 β2-adrenoceptor 3P0G US28 5WB1
TM1 92 1.28x28 β2-adrenoceptor 3P0G - -
TM1 93 1.29x29 β2-adrenoceptor 3P0G A1 receptor 5UEN
TM1 94 1.30x30 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM1 95 1.31x31 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM1 96 1.32x32 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 97 1.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 98 1.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 99 1.35x35 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 100 1.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 101 1.37x37 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM1 102 1.38x38 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM1 103 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 104 1.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 105 1.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 106 1.42x42 M1 receptor 6OIJ TP receptor 6IIV
TM1 107 1.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 108 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 109 1.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 110 1.46x46 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 111 1.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 112 1.48x48 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 113 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 114 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 115 1.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 116 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 117 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 118 1.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 119 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 120 1.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 121 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 122 1.58x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 123 1.59x59 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 124 1.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ICL1 125 12.48x48 - - - -
ICL1 126 12.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH M2 receptor 4MQT
ICL1 127 12.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ICL1 128 12.51x51 - - - -
TM2 129 2.37x37 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
TM2 130 2.38x38 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
TM2 131 2.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 132 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 133 2.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 134 2.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 135 2.43x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 136 2.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 137 2.45x45 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM2 138 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 139 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 140 2.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 141 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 142 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 143 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 144 2.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 145 2.53x53 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM2 146 2.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 147 2.55x55 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM2 148 2.56x551 M1 receptor 6OIJ OX2 receptor 5WS3
TM2 149 2.57x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 150 2.58x57 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 151 2.59x58 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 152 2.60x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 153 2.61x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 154 2.62x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 155 2.63x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 156 2.64x63 M1 receptor 6OIJ - -
TM2 157 2.65x64 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 158 2.66x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 159 2.67x66 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
ECL1 160 - - - - -
ECL1 161 23.49x49 β2-adrenoceptor 5JQH NOP receptor 5DHG
ECL1 162 23.50x50 β2-adrenoceptor 5JQH β2-adrenoceptor 5JQH
ECL1 163 23.51x51 β2-adrenoceptor 5JQH M1 receptor 6OIJ
ECL1 164 23.52x52 - - - -
TM3 165 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 166 3.22x22 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 167 3.23x23 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 6PWC
TM3 168 3.24x24 M1 receptor 6OIJ CCR7 6QZH
TM3 169 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 170 3.26x26 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM3 171 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 172 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 173 3.29x29 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 174 3.30x30 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 175 3.31x31 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 176 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 177 3.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 178 3.34x34 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 179 3.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 180 3.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 181 3.37x37 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 182 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 183 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 184 3.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 185 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 186 3.42x42 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 187 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 188 3.44x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 189 3.45x45 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM3 190 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 191 3.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 192 3.48x48 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 193 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 194 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 195 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 196 3.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 197 3.53x53 M1 receptor 6OIJ P2Y1 receptor 4XNW
TM3 198 3.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 199 3.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 200 3.56x56 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
ICL2 201 34.50x50 - - - -
ICL2 202 34.51x51 β2-adrenoceptor 3SN6 M1 receptor 6OIJ
ICL2 203 34.52x52 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 204 34.53x53 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
ICL2 205 34.54x54 β2-adrenoceptor 3SN6 M2 receptor 4MQT
ICL2 206 34.55x55 β2-adrenoceptor 3SN6 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 207 34.56x56 β2-adrenoceptor 3SN6 CB1 receptor 6N4B
ICL2 208 34.57x57 - - - -
TM4 209 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 210 4.39x39 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 211 4.40x40 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM4 212 4.41x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 6MXT
TM4 213 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 214 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 215 4.44x44 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM4 216 4.45x45 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 217 4.46x46 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM4 218 4.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 219 4.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 220 4.49x49 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM4 221 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 222 4.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 223 4.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 224 4.53x53 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM4 225 4.54x54 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 226 4.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 227 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 228 4.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 229 4.58x58 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM4 230 4.59x59 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 231 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 232 4.61x61 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM4 233 4.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 234 4.63x63 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 235 4.64x64 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 236 - - - - -
ECL2 237 - 5-HT2C receptor 6BQH 5-HT2C receptor 6BQH
ECL2 238 - 5-HT2C receptor 6BQH - -
ECL2 239 - 5-HT2C receptor 6BQH 5-HT2C receptor 6BQH
ECL2 240 - 5-HT2C receptor 6BQH - -
ECL2 241 - 5-HT2C receptor 6BQH - -
ECL2 242 - 5-HT2C receptor 6BQH - -
ECL2 243 - 5-HT2C receptor 6BQH - -
ECL2 244 - 5-HT2C receptor 6BQH - -
ECL2 245 - - - - -
ECL2 246 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 247 45.51x51 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
ECL2 248 45.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 249 - - - - -
ECL2 250 - - - - -
TM5 251 5.35x36 M1 receptor 6OIJ M5 receptor 6OL9
TM5 252 5.36x37 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM5 253 5.37x38 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS0
TM5 254 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 255 5.39x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 256 5.40x41 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 257 5.41x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 258 5.42x43 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 259 5.43x44 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 260 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 261 5.45x46 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM5 262 5.46x461 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 263 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 264 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 265 5.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 266 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 267 5.51x51 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 268 5.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 269 5.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 270 5.54x54 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM5 271 5.55x55 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 272 5.56x56 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM5 273 5.57x57 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 274 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 275 5.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 276 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 277 5.61x61 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 278 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 279 5.63x63 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 280 5.64x64 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 281 5.65x65 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 282 5.66x66 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 283 5.67x67 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 284 5.68x68 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM5 285 5.69x69 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 286 5.70x70 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 287 5.71x71 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 288 5.72x72 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 289 5.73x73 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 4UHR
TM5 290 5.74x74 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ICL3 291 - - - - -
ICL3 292 - - - - -
ICL3 293 - - - - -
ICL3 294 - - - - -
ICL3 295 - - - - -
ICL3 332 - - - - -
ICL3 333 - - - - -
ICL3 334 - - - - -
ICL3 335 - - - - -
ICL3 336 - - - - -
TM6 337 6.24x24 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 338 6.25x25 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 339 6.26x26 M5 receptor 6OL9 μ receptor 5C1M
TM6 340 6.27x27 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 341 6.28x28 M5 receptor 6OL9 M2 receptor 4MQT
TM6 342 6.29x29 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 343 6.30x30 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 344 6.31x31 M5 receptor 6OL9 M2 receptor 6OIK
TM6 345 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 346 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 347 6.34x34 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 348 6.35x35 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 349 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 350 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 351 6.38x38 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 352 6.39x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 353 6.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 354 6.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 355 6.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 356 6.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 357 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 358 6.45x45 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 359 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 360 6.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 361 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 362 6.49x49 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM6 363 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 364 6.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 365 6.52x52 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 366 6.53x53 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 367 6.54x54 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 368 6.55x55 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM6 369 6.56x56 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 370 6.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 371 6.58x58 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM6 372 6.59x59 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM6 373 6.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 374 6.61x61 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 4ZJ8
ECL3 375 - - - - -
ECL3 376 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 377 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 378 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 379 - - - - -
TM7 380 7.31x30 β2-adrenoceptor 5JQH D3 receptor 3PBL
TM7 381 7.32x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 382 7.33x32 M1 receptor 6OIJ MT2 receptor 6ME6
TM7 383 7.34x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 384 7.35x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM7 385 7.36x35 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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