5-HT7 receptor - subunit alpha-15 complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNA15

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 50%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 71%)

RECEPTOR TEMPLATES

4IAQ (5-HT1B receptor)
6OIJ (M1 receptor)
6DRY (5-HT2B receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
6OL9 (M5 receptor)
6A94 (5-HT2A receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 78.9 13.4 7.7
Side-chains 30.4 53.7 16.0

Number of backbone templates: 6
Number of rotamer templates: 40

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 72 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 73 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 74 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 75 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 76 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 77 1.28x28 5-HT1B receptor 4IAQ PAR2 5NDD
TM1 78 1.29x29 5-HT1B receptor 4IAQ - -
TM1 79 1.30x30 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 80 1.31x31 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 81 1.32x32 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 82 1.33x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 83 1.34x34 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 84 1.35x35 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 85 1.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 86 1.37x37 M1 receptor 6OIJ PAR1 3VW7
TM1 87 1.38x38 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM1 88 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 89 1.40x40 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 90 1.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 91 1.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 92 1.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 93 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 94 1.45x45 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 95 1.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 96 1.47x47 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 97 1.48x48 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 98 1.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 99 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 100 1.51x51 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM1 101 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 102 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 103 1.54x54 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM1 104 1.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 105 1.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 106 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 107 1.58x58 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM1 108 1.59x59 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM1 109 1.60x60 M1 receptor 6OIJ - -
ICL1 110 12.48x48 - - - -
ICL1 111 12.49x49 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT2C receptor 6BQG
ICL1 112 12.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL1 113 12.51x51 - - - -
TM2 114 2.37x37 5-HT1B receptor 4IAQ - -
TM2 115 2.38x38 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 116 2.39x39 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6KPG
TM2 117 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 118 2.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 119 2.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 120 2.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 121 2.44x44 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 122 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 123 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 124 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 125 2.48x48 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 126 2.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 127 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 128 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 129 2.52x52 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM2 130 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 131 2.54x54 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 132 2.55x55 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM2 133 2.56x551 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 134 2.57x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 135 2.58x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 136 2.59x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 137 2.60x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 138 2.61x60 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM2 139 2.62x61 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 140 2.63x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 141 2.64x63 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 142 2.65x64 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM2 143 2.66x65 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 144 2.67x66 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM2 145 2.68x67 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL1 146 - - - - -
ECL1 147 23.49x49 5-HT1B receptor 4IAQ FPR2/ALX 6LW5
ECL1 148 23.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ECL1 149 23.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ PAR2 5NDD
ECL1 150 23.52x52 - - - -
TM3 151 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 152 3.22x22 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM3 153 3.23x23 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 154 3.24x24 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM3 155 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 156 3.26x26 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM3 157 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 158 3.28x28 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM3 159 3.29x29 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 160 3.30x30 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 161 3.31x31 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM3 162 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 163 3.33x33 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 164 3.34x34 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM3 165 3.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 166 3.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 167 3.37x37 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 168 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 169 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 170 3.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 171 3.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 172 3.42x42 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 173 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 174 3.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 175 3.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 176 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 177 3.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 178 3.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM3 179 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 180 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 181 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 182 3.52x52 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 183 3.53x53 M1 receptor 6OIJ P2Y1 receptor 4XNW
TM3 184 3.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 185 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 186 3.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ICL2 187 34.50x50 - - - -
ICL2 188 34.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
ICL2 189 34.52x52 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
ICL2 190 34.53x53 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 191 34.54x54 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
ICL2 192 34.55x55 5-HT1B receptor 4IAQ M2 receptor 4MQT
ICL2 193 34.56x56 5-HT1B receptor 4IAQ AT1 receptor 6OS2
ICL2 194 34.57x57 - - - -
TM4 195 4.38x38 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
TM4 196 4.39x39 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM4 197 4.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 198 4.41x41 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 199 4.42x42 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 200 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 201 4.44x44 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM4 202 4.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 203 4.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 204 4.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 205 4.48x48 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 206 4.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 207 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 208 4.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 209 4.52x52 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM4 210 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 211 4.54x54 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM4 212 4.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 213 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 214 4.57x57 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM4 215 4.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 216 4.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 217 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 218 4.61x61 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 219 4.62x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 220 4.63x63 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
ECL2 221 - - - - -
ECL2 222 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 223 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 224 - - - - -
ECL2 225 - - - - -
ECL2 226 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 227 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 228 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 229 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 230 - - - - -
ECL2 231 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 232 45.51x51 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
ECL2 233 45.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 234 - - - - -
ECL2 235 - - - - -
TM5 236 5.35x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 237 5.36x37 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM5 238 5.37x38 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS0
TM5 239 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 240 5.39x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 241 5.40x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 242 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 243 5.42x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 244 5.43x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 245 5.44x45 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 246 5.45x46 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 247 5.46x461 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 248 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 249 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 250 5.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 251 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 252 5.51x51 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 253 5.52x52 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM5 254 5.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 255 5.54x54 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 256 5.55x55 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 257 5.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 258 5.57x57 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 259 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 260 5.59x59 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 261 5.60x60 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 262 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 263 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 264 5.63x63 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 265 5.64x64 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM5 266 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 267 5.66x66 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 268 5.67x67 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 269 5.68x68 M1 receptor 6OIJ NK1 receptor 6HLP
TM5 270 5.69x69 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 271 5.70x70 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 272 5.71x71 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 273 5.72x72 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 274 5.73x73 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 275 5.74x74 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 276 5.75x75 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 277 5.76x76 β2-adrenoceptor 3SN6 CB1 receptor 6KPG
ICL3 278 - - - - -
ICL3 279 - - - - -
ICL3 280 - - - - -
ICL3 281 - - - - -
ICL3 282 - - - - -
ICL3 311 - - - - -
ICL3 312 - - - - -
ICL3 313 - - - - -
ICL3 314 - - - - -
ICL3 315 - - - - -
TM6 316 6.24x24 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 317 6.25x25 M5 receptor 6OL9 A2A receptor 4UHR
TM6 318 6.26x26 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 319 6.27x27 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 320 6.28x28 M5 receptor 6OL9 Rhodopsin 4ZWJ
TM6 321 6.29x29 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 322 6.30x30 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 323 6.31x31 M5 receptor 6OL9 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 324 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 325 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 326 6.34x34 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 327 6.35x35 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 328 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 329 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 330 6.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 331 6.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 332 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 333 6.41x41 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM6 334 6.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 335 6.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 336 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 337 6.45x45 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 338 6.46x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 339 6.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 340 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 341 6.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 342 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 343 6.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 344 6.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 345 6.53x53 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM6 346 6.54x54 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 347 6.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 348 6.56x56 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM6 349 6.57x57 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 350 6.58x58 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM6 351 6.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM6 352 6.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 353 6.61x61 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
ECL3 354 - - - - -
ECL3 355 - 5-HT2A receptor 6A94 - -
ECL3 356 - 5-HT2A receptor 6A94 - -
ECL3 357 - - - - -
TM7 358 7.27x26 5-HT2A receptor 6A94 - -
TM7 359 7.28x27 5-HT2A receptor 6A94 CCR7 6QZH
TM7 360 7.29x28 5-HT2A receptor 6A94 Y1 receptor 5ZBH
TM7 361 7.30x29 5-HT2A receptor 6A94 AT1 receptor 6OS2
TM7 362 7.31x30 5-HT2A receptor 6A94 - -
TM7 363 7.32x31 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM7 364 7.33x32 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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