5-HT1F receptor - subunit alpha-15 complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNA15

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 52%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 71%)

RECEPTOR TEMPLATES

4IAQ (5-HT1B receptor)
6OIJ (M1 receptor)
6DRY (5-HT2B receptor)
5TVN (5-HT2B receptor)
5ZBH (Y1 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
5WIV (D4 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 79.1 13.0 8.0
Side-chains 26.9 56.5 16.6

Number of backbone templates: 7
Number of rotamer templates: 41

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 14 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 15 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 16 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 17 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 18 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 19 1.28x28 5-HT1B receptor 4IAQ - -
TM1 20 1.29x29 5-HT1B receptor 4IAQ μ receptor 5C1M
TM1 21 1.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 22 1.31x31 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM1 23 1.32x32 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM1 24 1.33x33 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 25 1.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 26 1.35x35 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM1 27 1.36x36 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 28 1.37x37 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 29 1.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 30 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 31 1.40x40 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 32 1.41x41 M1 receptor 6OIJ PAR1 3VW7
TM1 33 1.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 34 1.43x43 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 35 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 36 1.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 37 1.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 38 1.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 39 1.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 40 1.49x49 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM1 41 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 42 1.51x51 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM1 43 1.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 44 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 45 1.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 46 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 47 1.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 48 1.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 49 1.58x58 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM1 50 1.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 51 1.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ICL1 52 12.48x48 - - - -
ICL1 53 12.49x49 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT2C receptor 6BQG
ICL1 54 12.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL1 55 12.51x51 - - - -
TM2 56 2.37x37 5-HT1B receptor 4IAQ - -
TM2 57 2.38x38 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 58 2.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 59 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 60 2.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 61 2.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 62 2.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 63 2.44x44 M1 receptor 6OIJ EP4 receptor 5YWY
TM2 64 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 65 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 66 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 67 2.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 68 2.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 69 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 70 2.51x51 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM2 71 2.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 72 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 73 2.54x54 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 74 2.55x55 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM2 75 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 76 2.57x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 77 2.58x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 78 2.59x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 79 2.60x59 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 80 2.61x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 81 2.62x61 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM2 82 2.63x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM2 83 2.64x63 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 84 2.65x64 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 85 2.66x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 86 2.67x66 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM2 87 2.68x67 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
ECL1 88 23.49x49 - - - -
ECL1 89 23.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ECL1 90 23.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ PAR2 5NDD
ECL1 91 23.52x52 - - - -
TM3 92 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 93 3.22x22 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM3 94 3.23x23 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM3 95 3.24x24 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 96 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 97 3.26x26 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM3 98 3.27x27 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM3 99 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 100 3.29x29 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 101 3.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 102 3.31x31 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 103 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 104 3.33x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 105 3.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 106 3.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 107 3.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 108 3.37x37 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 109 3.38x38 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM3 110 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 111 3.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 112 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 113 3.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 114 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 115 3.44x44 M1 receptor 6OIJ EP3 receptor 6AK3
TM3 116 3.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM3 117 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 118 3.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 119 3.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 120 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 121 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 122 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 123 3.52x52 M1 receptor 6OIJ H1 receptor 3RZE
TM3 124 3.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 125 3.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 126 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 127 3.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 128 34.50x50 - - - -
ICL2 129 34.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 130 34.52x52 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 131 34.53x53 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 132 34.54x54 5-HT1B receptor 4IAQ EP3 receptor 6M9T
ICL2 133 34.55x55 5-HT1B receptor 4IAQ Rhodopsin 4ZWJ
ICL2 134 34.56x56 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 135 34.57x57 - - - -
TM4 136 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 137 4.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 138 4.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 139 4.41x41 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM4 140 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 141 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM4 142 4.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 143 4.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 144 4.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 145 4.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 146 4.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 147 4.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 148 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 149 4.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 150 4.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 151 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 152 4.54x54 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM4 153 4.55x55 M1 receptor 6OIJ CCR2 5T1A
TM4 154 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 155 4.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 156 4.58x58 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 157 4.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 158 4.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 159 4.61x61 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM4 160 4.62x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 161 4.63x63 M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 162 - - - - -
ECL2 163 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 164 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 165 - - - - -
ECL2 166 - - - - -
ECL2 167 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 168 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 169 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 170 - 5-HT2B receptor 6DRY - -
ECL2 171 - - - - -
ECL2 172 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 173 45.51x51 M1 receptor 6OIJ AT2 receptor 6JOD
ECL2 174 45.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 175 - - - - -
ECL2 176 - Y1 receptor 5ZBH - -
ECL2 177 - - - - -
TM5 178 5.35x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 179 5.36x37 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM5 180 5.37x38 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM5 181 5.38x39 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 182 5.39x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 183 5.40x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 184 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 185 5.42x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 186 5.43x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 187 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 188 5.45x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 189 5.46x461 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 190 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 191 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 192 5.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 193 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 194 5.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 195 5.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 196 5.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 197 5.54x54 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 198 5.55x55 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 199 5.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 200 5.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 201 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 202 5.59x59 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 203 5.60x60 M1 receptor 6OIJ succinate receptor 6RNK
TM5 204 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 205 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 206 5.63x63 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 207 5.64x64 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 208 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 209 5.66x66 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 210 5.67x67 M1 receptor 6OIJ S1P1 receptor 3V2Y
TM5 211 5.68x68 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 212 5.69x69 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 213 5.70x70 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 4BUO
TM5 214 5.71x71 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 215 5.72x72 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 216 5.73x73 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 6CMO
TM5 217 5.74x74 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 218 5.75x75 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 219 5.76x76 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL3 220 - - - - -
ICL3 221 - - - - -
ICL3 222 - - - - -
ICL3 223 - - - - -
ICL3 224 - - - - -
ICL3 277 - - - - -
ICL3 278 - - - - -
ICL3 279 - - - - -
ICL3 280 - - - - -
ICL3 281 - - - - -
TM6 282 6.24x24 5-HT2B receptor 5TVN μ receptor 6DDF
TM6 283 6.25x25 5-HT2B receptor 5TVN - -
TM6 284 6.26x26 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT2A receptor 6A94
TM6 285 6.27x27 5-HT2B receptor 5TVN EP3 receptor 6AK3
TM6 286 6.28x28 5-HT2B receptor 5TVN - -
TM6 287 6.29x29 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT1B receptor 6G79
TM6 288 6.30x30 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT2B receptor 5TVN
TM6 289 6.31x31 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 290 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 291 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 292 6.34x34 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 293 6.35x35 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 294 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 295 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 296 6.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 297 6.39x39 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 298 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 299 6.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 300 6.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 301 6.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 302 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 303 6.45x45 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM6 304 6.46x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 305 6.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 306 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 307 6.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 308 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 309 6.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 310 6.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 311 6.53x53 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 312 6.54x54 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 313 6.55x55 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 314 6.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 315 6.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 316 6.58x58 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 317 6.59x59 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 318 6.60x60 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM6 319 6.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL3 320 - - - - -
ECL3 321 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 322 - D4 receptor 5WIV D4 receptor 5WIV
ECL3 323 - D4 receptor 5WIV - -
ECL3 324 - - - - -
TM7 325 7.31x30 5-HT1B receptor 4IAQ D3 receptor 3PBL
TM7 326 7.32x31 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM7 327 7.33x32 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 4LDE
TM7 328 7.34x33 M1 receptor 6OIJ - -
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C-term 364 - M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
C-term 365 - M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
C-term 366 - M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ

G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
HN 15 G.HN.30 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
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