5-ht1E receptor - G(q) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAQ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 54%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 96%)

RECEPTOR TEMPLATES

4IAQ (5-HT1B receptor)
6OIJ (M1 receptor)
6DRZ (5-HT2B receptor)
5TVN (5-HT2B receptor)
5ZBH (Y1 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
6CM4 (D2 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 78.9 13.8 7.2
Side-chains 28.6 54.6 16.8

Number of backbone templates: 7
Number of rotamer templates: 43

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 13 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 14 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 15 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 16 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 17 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 18 1.28x28 5-HT1B receptor 4IAQ - -
TM1 19 1.29x29 5-HT1B receptor 4IAQ NTS1 receptor 5T04
TM1 20 1.30x30 M1 receptor 6OIJ LPA1 receptor 4Z35
TM1 21 1.31x31 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM1 22 1.32x32 M1 receptor 6OIJ NTS1 receptor 5T04
TM1 23 1.33x33 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 24 1.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 25 1.35x35 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 26 1.36x36 M1 receptor 6OIJ - -
TM1 27 1.37x37 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 28 1.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 29 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 30 1.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 31 1.41x41 M1 receptor 6OIJ κ receptor 6B73
TM1 32 1.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 33 1.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 34 1.44x44 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM1 35 1.45x45 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 36 1.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 37 1.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 38 1.48x48 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM1 39 1.49x49 M1 receptor 6OIJ H1 receptor 3RZE
TM1 40 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 41 1.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 42 1.52x52 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 43 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 44 1.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 45 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM1 46 1.56x56 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 47 1.57x57 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 48 1.58x58 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM1 49 1.59x59 M1 receptor 6OIJ D4 receptor 5WIV
TM1 50 1.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ICL1 51 12.48x48 - - - -
ICL1 52 12.49x49 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT2C receptor 6BQG
ICL1 53 12.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL1 54 12.51x51 - - - -
TM2 55 2.37x37 5-HT1B receptor 4IAQ - -
TM2 56 2.38x38 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 57 2.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 58 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 59 2.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 60 2.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 61 2.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 62 2.44x44 M1 receptor 6OIJ EP4 receptor 5YWY
TM2 63 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 64 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 65 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 66 2.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 67 2.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 68 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 69 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 70 2.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 71 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 72 2.54x54 M1 receptor 6OIJ D2 receptor 6CM4
TM2 73 2.55x55 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM2 74 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 75 2.57x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 76 2.58x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 77 2.59x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 78 2.60x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 79 2.61x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 80 2.62x61 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM2 81 2.63x62 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM2 82 2.64x63 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 83 2.65x64 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 84 2.66x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 85 2.67x66 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 86 2.68x67 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
ECL1 87 23.49x49 - - - -
ECL1 88 23.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ECL1 89 23.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ S1P1 receptor 3V2Y
ECL1 90 23.52x52 - - - -
TM3 91 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 92 3.22x22 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM3 93 3.23x23 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 94 3.24x24 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 95 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 96 3.26x26 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 97 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM3 98 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 99 3.29x29 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 100 3.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 101 3.31x31 M1 receptor 6OIJ FPR2/ALX 6LW5
TM3 102 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 103 3.33x33 M1 receptor 6OIJ - -
TM3 104 3.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 105 3.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 106 3.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 107 3.37x37 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 108 3.38x38 M1 receptor 6OIJ PAR2 5NDD
TM3 109 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 110 3.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 111 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 112 3.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 113 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 114 3.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 115 3.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 116 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 117 3.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 118 3.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 119 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 120 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 121 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 122 3.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 123 3.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 124 3.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 125 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 126 3.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
ICL2 127 34.50x50 - - - -
ICL2 128 34.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ C5a1 receptor 6C1R
ICL2 129 34.52x52 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 130 34.53x53 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 131 34.54x54 5-HT1B receptor 4IAQ EP3 receptor 6M9T
ICL2 132 34.55x55 5-HT1B receptor 4IAQ CB1 receptor 5XRA
ICL2 133 34.56x56 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 134 34.57x57 - - - -
TM4 135 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 136 4.39x39 M1 receptor 6OIJ OX1 receptor 6TO7
TM4 137 4.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 138 4.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 139 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 140 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 141 4.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 142 4.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 143 4.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 144 4.47x47 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 145 4.48x48 M1 receptor 6OIJ CCR9 5LWE
TM4 146 4.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 147 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 148 4.51x51 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 5XRA
TM4 149 4.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 150 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 151 4.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 152 4.55x55 M1 receptor 6OIJ CCR2 5T1A
TM4 153 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 154 4.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 155 4.58x58 M1 receptor 6OIJ - -
TM4 156 4.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 157 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 158 4.61x61 M1 receptor 6OIJ CB1 receptor 6N4B
TM4 159 4.62x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 160 4.63x63 M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 161 - - - - -
ECL2 162 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 163 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 164 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 165 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 166 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 167 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 168 - 5-HT2B receptor 6DRZ 5-HT2B receptor 6DRZ
ECL2 169 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 170 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 171 - 5-HT2B receptor 6DRZ - -
ECL2 172 - - - - -
ECL2 173 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 174 45.51x51 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
ECL2 175 45.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 176 - - - - -
ECL2 177 - Y1 receptor 5ZBH - -
ECL2 178 - - - - -
TM5 179 5.35x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 180 5.36x37 M1 receptor 6OIJ apelin receptor 5VBL
TM5 181 5.37x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 182 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 183 5.39x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 184 5.40x41 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 185 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 186 5.42x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 187 5.43x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 188 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 189 5.45x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 190 5.46x461 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 191 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 192 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 193 5.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 194 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 195 5.51x51 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 196 5.52x52 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 197 5.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 198 5.54x54 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 199 5.55x55 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM5 200 5.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 201 5.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 202 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 203 5.59x59 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM5 204 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 205 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 206 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 207 5.63x63 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 208 5.64x64 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 209 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 210 5.66x66 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 211 5.67x67 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 212 5.68x68 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 213 5.69x69 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM5 214 5.70x70 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 215 5.71x71 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 216 5.72x72 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 217 5.73x73 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 218 5.74x74 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 4UHR
TM5 219 5.75x75 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 220 5.76x76 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL3 221 - - - - -
ICL3 222 - - - - -
ICL3 223 - - - - -
ICL3 224 - - - - -
ICL3 225 - - - - -
ICL3 275 - - - - -
ICL3 276 - - - - -
ICL3 277 - - - - -
ICL3 278 - - - - -
ICL3 279 - - - - -
TM6 280 6.24x24 5-HT2B receptor 5TVN A1 receptor 6D9H
TM6 281 6.25x25 5-HT2B receptor 5TVN - -
TM6 282 6.26x26 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT2A receptor 6A94
TM6 283 6.27x27 5-HT2B receptor 5TVN Y1 receptor 5ZBH
TM6 284 6.28x28 5-HT2B receptor 5TVN - -
TM6 285 6.29x29 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT1B receptor 6G79
TM6 286 6.30x30 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT2B receptor 5TVN
TM6 287 6.31x31 5-HT2B receptor 5TVN 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 288 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 289 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 290 6.34x34 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 291 6.35x35 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 292 6.36x36 M1 receptor 6OIJ AT1 receptor 6OS2
TM6 293 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 294 6.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 295 6.39x39 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 296 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 297 6.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 298 6.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 299 6.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 300 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 301 6.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 302 6.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 303 6.47x47 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM6 304 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 305 6.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 306 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 307 6.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 308 6.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 309 6.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 310 6.54x54 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 311 6.55x55 M1 receptor 6OIJ - -
TM6 312 6.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 313 6.57x57 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM6 314 6.58x58 M1 receptor 6OIJ MT1 receptor 6ME2
TM6 315 6.59x59 M1 receptor 6OIJ NOP receptor 5DHG
TM6 316 6.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 317 6.61x61 M1 receptor 6OIJ - -
ECL3 318 - - - - -
ECL3 319 - D2 receptor 6CM4 - -
ECL3 320 - D2 receptor 6CM4 - -
ECL3 321 - - - - -
TM7 322 7.31x30 5-HT1B receptor 4IAQ D3 receptor 3PBL
TM7 323 7.32x31 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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