5-HT1B receptor - G(q) subunit alpha complex homology model

RECEPTOR CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

G-PROTEIN CLASS

GNAQ

G-PROTEIN

VERSION

2020-06-21

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

M1 receptor (sequence similarity: 52%) PDB: 6OIJ
subunit alpha-11 (sequence similarity: 96%)

RECEPTOR TEMPLATES

4IAQ (5-HT1B receptor)
6OIJ (M1 receptor)
4NC3 (5-HT2B receptor)
5ZBH (Y1 receptor)
6OL9 (M5 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 78.5 12.2 9.2
Side-chains 28.4 58.1 13.5

Number of backbone templates: 5
Number of rotamer templates: 21

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 40 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 41 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 42 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 43 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
N-term 44 - 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 45 1.28x28 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 46 1.29x29 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 47 1.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 48 1.31x31 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 49 1.32x32 M1 receptor 6OIJ CB2 receptor 6KPF
TM1 50 1.33x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 51 1.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 52 1.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 53 1.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 54 1.37x37 M1 receptor 6OIJ LPA6 receptor 5XSZ
TM1 55 1.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 56 1.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 57 1.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 58 1.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 59 1.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 60 1.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM1 61 1.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 62 1.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 63 1.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 64 1.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 65 1.48x48 M1 receptor 6OIJ A2A receptor 5G53
TM1 66 1.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 67 1.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 68 1.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 69 1.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 70 1.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM1 71 1.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 72 1.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 73 1.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 74 1.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 75 1.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM1 76 1.59x59 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM1 77 1.60x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ICL1 78 12.48x48 - - - -
ICL1 79 12.49x49 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT2C receptor 6BQG
ICL1 80 12.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL1 81 12.51x51 - - - -
TM2 82 2.37x37 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 83 2.38x38 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 84 2.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 85 2.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 86 2.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 87 2.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 88 2.43x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 89 2.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 90 2.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 91 2.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 92 2.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 93 2.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 94 2.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 95 2.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 96 2.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 97 2.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 98 2.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 99 2.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 100 2.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 101 2.56x551 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 102 2.57x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 103 2.58x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 104 2.59x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 105 2.60x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 106 2.61x60 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 107 2.62x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 108 2.63x62 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM2 109 2.64x63 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM2 110 2.65x64 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 111 2.66x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 112 2.67x66 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM2 113 2.68x67 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL1 114 23.49x49 - - - -
ECL1 115 23.50x50 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ECL1 116 23.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ECL1 117 23.52x52 - - - -
TM3 118 3.21x21 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 119 3.22x22 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM3 120 3.23x23 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM3 121 3.24x24 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 122 3.25x25 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 123 3.26x26 M1 receptor 6OIJ M2 receptor 4MQT
TM3 124 3.27x27 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 125 3.28x28 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 126 3.29x29 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 127 3.30x30 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 128 3.31x31 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 129 3.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 130 3.33x33 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 131 3.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 132 3.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 133 3.36x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 134 3.37x37 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 135 3.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 136 3.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 137 3.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 138 3.41x41 M1 receptor 6OIJ A1 receptor 6D9H
TM3 139 3.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 140 3.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 141 3.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 142 3.45x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 143 3.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 144 3.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 145 3.48x48 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 146 3.49x49 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 147 3.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 148 3.51x51 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 149 3.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 150 3.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 151 3.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM3 152 3.55x55 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM3 153 3.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 154 34.50x50 - - - -
ICL2 155 34.51x51 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 156 34.52x52 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 157 34.53x53 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 158 34.54x54 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 159 34.55x55 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 4IAQ
ICL2 160 34.56x56 5-HT1B receptor 4IAQ 5-HT1B receptor 6G79
ICL2 161 34.57x57 - - - -
TM4 162 4.38x38 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 163 4.39x39 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 164 4.40x40 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 165 4.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 166 4.42x42 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 167 4.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 168 4.44x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 169 4.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 170 4.46x46 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 171 4.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 172 4.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 173 4.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 174 4.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 175 4.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 176 4.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 177 4.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 178 4.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 179 4.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 180 4.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 181 4.57x57 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 182 4.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM4 183 4.59x59 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM4 184 4.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 185 4.61x61 M1 receptor 6OIJ Y1 receptor 5ZBH
TM4 186 4.62x62 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM4 187 4.63x63 M1 receptor 6OIJ - -
ECL2 188 - - - - -
ECL2 189 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 190 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 191 - - - - -
ECL2 192 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 193 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 194 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 195 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 196 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 197 - 5-HT2B receptor 4NC3 - -
ECL2 198 - - - - -
ECL2 199 45.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
ECL2 200 45.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT2C receptor 6BQG
ECL2 201 45.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
ECL2 202 - - - - -
ECL2 203 - Y1 receptor 5ZBH - -
ECL2 204 - - - - -
TM5 205 5.35x36 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 206 5.36x37 M1 receptor 6OIJ US28 5WB1
TM5 207 5.37x38 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 208 5.38x39 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 209 5.39x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 210 5.40x41 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 211 5.41x42 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 4ZWJ
TM5 212 5.42x43 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 213 5.43x44 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 214 5.44x45 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 215 5.45x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 216 5.46x461 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 217 5.47x47 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 218 5.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 219 5.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 220 5.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 221 5.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 222 5.52x52 M1 receptor 6OIJ μ receptor 5C1M
TM5 223 5.53x53 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 224 5.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 225 5.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 226 5.56x56 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 227 5.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 228 5.58x58 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 229 5.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 230 5.60x60 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 231 5.61x61 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 232 5.62x62 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 233 5.63x63 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 234 5.64x64 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 235 5.65x65 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 236 5.66x66 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 237 5.67x67 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 238 5.68x68 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM5 239 5.69x69 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 240 5.70x70 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM5 241 5.71x71 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 242 5.72x72 M1 receptor 6OIJ Rhodopsin 5DYS
TM5 243 5.73x73 M1 receptor 6OIJ - -
TM5 244 5.74x74 M1 receptor 6OIJ - -
ICL3 245 - - - - -
ICL3 246 - - - - -
ICL3 247 - - - - -
ICL3 248 - - - - -
ICL3 249 - - - - -
ICL3 298 - - - - -
ICL3 299 - - - - -
ICL3 300 - - - - -
ICL3 301 - - - - -
ICL3 302 - - - - -
TM6 303 6.24x24 M5 receptor 6OL9 μ receptor 6DDF
TM6 304 6.25x25 M5 receptor 6OL9 - -
TM6 305 6.26x26 M5 receptor 6OL9 M4 receptor 6KP6
TM6 306 6.27x27 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 307 6.28x28 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 308 6.29x29 M5 receptor 6OL9 5-HT1B receptor 6G79
TM6 309 6.30x30 M5 receptor 6OL9 M5 receptor 6OL9
TM6 310 6.31x31 M5 receptor 6OL9 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 311 6.32x32 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 312 6.33x33 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 313 6.34x34 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 314 6.35x35 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 315 6.36x36 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 316 6.37x37 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 317 6.38x38 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 318 6.39x39 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 319 6.40x40 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 320 6.41x41 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 321 6.42x42 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 322 6.43x43 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 323 6.44x44 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 324 6.45x45 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 325 6.46x46 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 326 6.47x47 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 327 6.48x48 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 328 6.49x49 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 329 6.50x50 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 330 6.51x51 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 331 6.52x52 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 332 6.53x53 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 333 6.54x54 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 334 6.55x55 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 335 6.56x56 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 336 6.57x57 M1 receptor 6OIJ M1 receptor 6OIJ
TM6 337 6.58x58 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 6G79
TM6 338 6.59x59 M1 receptor 6OIJ 5-HT1B receptor 4IAQ
TM6 339 6.60x60 M1 receptor 6OIJ β2-adrenoceptor 3SN6
ECL3 340 - - - - -
ECL3 341 - - - - -
ECL3 342 - - - - -
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G-PROTEIN TEMPLATES

Segment Seq.num. CGN# Backbone PDB Rotamer PDB
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