q08bg4_danre

NAME

5XSZ

ORGANISM

Zebrafish (Danio rerio)

PROTEIN NAME

q08bg4_danre

SOURCE

TREMBL

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

                   
N-term        
M
Y
N
T
S
L
E
M
E
M
10
                   
                   
L
N
V
S
N
V
T
H
C
P
20
                   
          TM1    
K
N
D
N
F
K
Y
P
L
Y
30
                   
                   
S
M
V
F
S
I
V
F
M
V
40
                   
                   
G
L
I
T
N
V
A
A
M
Y
50
                   
          ICL1  
I
F
M
C
S
L
K
L
R
N
60
                   
TM2              
E
T
T
T
Y
M
M
N
L
V
70
                   
                   
V
S
D
L
L
F
V
L
T
L
80
                   
                   
P
L
R
V
F
Y
F
V
Q
Q
90
                   
ECL1 TM3      
N
W
P
F
G
S
L
L
C
K
100
                   
                   
L
S
V
S
L
F
Y
T
N
M
110
                   
                   
Y
G
S
I
L
F
L
T
C
I
120
                   
                   
S
V
D
R
F
L
A
I
V
Y
130
                   
ICL2            
P
F
R
S
R
G
L
R
T
K
140
                   
TM4              
R
N
A
K
I
V
C
A
A
V
150
                   
                   
W
V
L
V
L
S
G
S
L
P
160
                   
            ECL2
T
G
F
M
L
N
S
T
N
K
170
                   
                   
L
E
N
N
S
I
S
C
F
E
180
                   
            TM5  
N
F
S
S
K
E
W
K
S
H
190
                   
                   
L
S
K
V
V
I
F
I
E
T
200
                   
                   
V
G
F
L
I
P
L
M
L
N
210
                   
                   
V
V
C
S
A
M
V
L
Q
T
220
           
 
 
 
 
        ICL3    
L
R
R
P
N
T
V
S
R
G
230
 
 
 
              
TM6              
G
K
L
N
K
K
K
I
L
R
240
                   
                   
M
I
I
V
H
L
F
I
F
C
250
                   
                   
F
C
F
I
P
Y
N
V
N
L
260
                   
                   
V
F
Y
S
L
V
R
T
N
T
270
                   
ECL3 TM7      
L
K
G
C
A
A
E
S
V
V
280
                   
                   
R
T
I
Y
P
I
A
L
C
I
290
                   
                   
A
V
S
N
C
C
F
D
P
I
300
                   
          H8      
V
Y
Y
F
T
S
E
T
I
Q
310
   
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
S
I
K
R
K
T
Q
T
G
320
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
H
S
I
D
V
K
F
S
E
A
330
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
Q
S
E
T
S
S
T
L
Q
340
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
F
S
L
R
S
I
K
N
K
M
350
 
 
 
 
 
 
 
             
F
H
N
E
S
H
V
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV proteas
                   
N-term        
M
Y
N
T
S
L
E
M
E
M
10
                   
                   
L
N
V
S
N
V
T
H
C
P
20
                   
          TM1    
K
N
D
N
F
K
Y
P
L
Y
30
                   
                   
S
M
V
F
S
I
V
F
M
V
40
                   
                   
G
L
I
T
N
V
A
A
M
Y
50
                   
          ICL1  
I
F
M
C
S
L
K
L
R
N
60
                   
TM2              
E
T
T
T
Y
M
M
N
L
V
70
                   
                   
V
S
D
L
L
F
V
L
T
L
80
                   
                   
P
L
R
V
F
Y
F
V
Q
Q
90
                   
ECL1 TM3      
N
W
P
F
G
S
L
L
C
K
100
                   
                   
L
S
V
S
L
F
Y
T
N
M
110
                   
                   
Y
G
S
I
L
F
L
T
C
I
120
                   
                   
S
V
D
R
F
L
A
I
V
Y
130
                   
ICL2            
P
F
R
S
R
G
L
R
T
K
140
                   
TM4              
R
N
A
K
I
V
C
A
A
V
150
                   
                   
W
V
L
V
L
S
G
S
L
P
160
                   
            ECL2
T
G
F
M
L
N
S
T
N
K
170
                   
                   
L
E
N
N
S
I
S
C
F
E
180
                   
            TM5  
N
F
S
S
K
E
W
K
S
H
190
                   
                   
L
S
K
V
V
I
F
I
E
T
200
                   
                   
V
G
F
L
I
P
L
M
L
N
210
                   
                   
V
V
C
S
A
M
V
L
Q
T
220
           
        ICL3
L
R
R
P
N
T
226
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
              
    TM6          
V
 
L
N
K
K
K
I
L
R
240
                   
                   
M
I
I
V
H
L
F
I
F
C
250
                   
                   
F
C
F
I
P
Y
N
V
N
L
260
                   
                   
V
F
Y
S
L
V
R
T
N
T
270
                   
ECL3 TM7      
L
K
G
C
A
A
E
S
V
V
280
                   
                   
R
T
I
Y
P
I
A
L
C
I
290
                   
                   
A
V
S
N
C
C
F
D
P
I
300
                   
          H8      
V
Y
Y
F
T
S
E
T
I
Q
310
   
 
     
N
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV proteas
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)        

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
 
 
ICL3
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
 
 
 
 
 
 
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV pr
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lys
 
 
 
 
ICL3 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
H8 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TEV pr
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)


DIAGRAMS

ICL1 L K L R ICL1ECL1 Q N W P F ECL1ICL2 P F R S R G L R ICL2ECL2 S T N K L E N N S I S C F E N F S S K E ECL2ICL3 N T V S ICL3ECL3 T L K ECL3N-term M Y N T S L E M E M L N V S N V T H C P K N D N F N-termC-term H S I D V K F S E A L Q S E T S S T L Q F S L R S I K N K M F H N E S H V C-term K Y P L Y S M V F S I V F M V G L I T N V A A M Y I F M C S N E T T T Y M M N L V V S D L L F V L T L P L R V F Y F V Q G S L L C K L S V S L F Y T N M Y G S I L F L T C I S V D R F L A I V Y T K R N A K I V C A A V W V L V L S G S L P T G F M L N W K S H L S K V V I F I E T V G F L I P L M L N V V C S A M V L Q T L R R P R G G K L N K K K I L R M I I V H L F I F C F C F I P Y N V N L V F Y S L V R T N G C A A E S V V R T I Y P I A L C I A V S N C C F D P I V Y Y F T S E T I K R G I Q N S K T Q T

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 228 to 232
  • from 313 to 357

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: T4 Lysozyme (T4L)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_3 227:233
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(8)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect pFastBac (Invitrogen)+ Bac-to-Bac

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1.0 %w/v
    additive CHS 0.2 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Proteolysis by TEV protease None
    Deglycosylation by PNGase F None
    Detergent DDM exchanged with LMNG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 5-10 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 6.0-6.0

    Remarks: NOTE: LCP crystallization was performed in the hanging-drop style. Monoolein:cholesterol mixture (10:1 by mass) at a ratio of 2:3 (protein:lipid, w/w), using the twin-syringe mixing method

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    LMNG 0.005 %w/v
    Lipid
    Lipid CHS 0.002 %v/v
    Additional
    MES, pH 6.0 100.0 mM
    NaH2PO4 400-450 mM
    1,4-butanediol 5.0 %v/v
    Precipitant
    PEG400 36–40 %v/v