q80km9_hcmv

NAME

5WB2

ORGANISM

strain AD169 (Human cytomegalovirus)

PROTEIN NAME

q80km9_hcmv

SOURCE

TREMBL

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

                   
N-term        
M
T
P
T
T
T
T
A
E
L
10
                   
                   
T
T
E
F
D
Y
D
E
D
A
20
                   
        TM1      
T
P
C
V
F
T
D
V
L
N
30
                   
                   
Q
S
K
P
V
T
L
F
L
Y
40
                   
                   
G
V
V
F
L
F
G
S
I
G
50
                   
                   
N
F
L
V
I
F
T
I
T
W
60
                   
  ICL1 TM2    
R
R
R
I
Q
C
S
G
D
V
70
                   
                   
Y
F
I
N
L
A
A
A
D
L
80
                   
                   
L
F
V
C
T
L
P
L
W
M
90
                   
          ECL1  
Q
Y
L
L
D
H
N
S
L
A
100
                   
TM3              
S
V
P
C
T
L
L
T
A
C
110
                   
                   
F
Y
V
A
M
F
A
S
L
C
120
                   
                   
F
I
T
E
I
A
L
D
R
Y
130
                   
        ICL2    
Y
A
I
V
Y
M
R
Y
R
P
140
                   
TM4              
V
K
Q
A
C
L
F
S
I
F
150
                   
                   
W
W
I
F
A
V
I
I
A
I
160
                   
        ECL2    
P
H
F
M
V
V
T
K
K
D
170
                   
                   
N
Q
C
M
T
D
Y
D
Y
L
180
                   
    TM5          
E
V
S
Y
P
I
I
L
N
V
190
                   
                   
E
L
M
L
G
A
F
V
I
P
200
                   
                   
L
S
V
I
S
Y
C
Y
Y
R
210
                   
                   
I
S
R
I
V
A
V
S
Q
S
220
                   
ICL3 TM6      
R
H
K
G
R
I
V
R
V
L
230
                   
                   
I
A
V
V
L
V
F
I
I
F
240
                   
                   
W
L
P
Y
H
L
T
L
F
V
250
                   
                   
D
T
L
K
L
L
K
W
I
S
260
                   
ECL3 TM7      
S
S
C
E
F
E
R
S
L
K
270
                   
                   
R
A
L
I
L
T
E
S
L
A
280
                   
                   
F
C
H
C
C
L
N
P
L
L
290
                   
        H8        
Y
V
F
V
G
T
K
F
R
Q
300
                   
                   
E
L
H
C
L
L
A
E
F
R
310
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
Q
R
L
F
S
R
D
V
S
W
320
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Y
H
S
M
S
F
S
R
R
G
330
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
P
S
R
R
E
T
S
S
D
340
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
L
S
D
E
V
C
R
V
S
350
 
 
 
 
       
Q
I
I
P
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
                   
N-term        
M
T
P
T
T
T
T
A
E
L
10
                   
                   
T
T
E
F
D
Y
D
E
D
A
20
                   
        TM1      
T
P
C
V
F
T
D
V
L
N
30
                   
                   
Q
S
K
P
V
T
L
F
L
Y
40
                   
                   
G
V
V
F
L
F
G
S
I
G
50
                   
                   
N
F
L
V
I
F
T
I
T
W
60
                   
  ICL1 TM2    
R
R
R
I
Q
C
S
G
D
V
70
                   
                   
Y
F
I
N
L
A
A
A
D
L
80
                   
                   
L
F
V
C
T
L
P
L
W
M
90
                   
          ECL1  
Q
Y
L
L
D
H
N
S
L
A
100
                   
TM3              
S
V
P
C
T
L
L
T
A
C
110
                   
                   
F
Y
V
A
M
F
A
S
L
C
120
                   
                   
F
I
T
E
I
A
L
D
R
Y
130
                   
        ICL2    
Y
A
I
V
Y
M
R
Y
R
P
140
                   
TM4              
V
K
Q
A
C
L
F
S
I
F
150
                   
                   
W
W
I
F
A
V
I
I
A
I
160
                   
        ECL2    
P
H
F
M
V
V
T
K
K
D
170
                   
                   
N
Q
C
M
T
D
Y
D
Y
L
180
                   
    TM5          
E
V
S
Y
P
I
I
L
N
V
190
                   
                   
E
L
M
L
G
A
F
V
I
P
200
                   
                   
L
S
V
I
S
Y
C
Y
Y
R
210
                   
                   
I
S
R
I
V
A
V
S
Q
S
220
                   
ICL3 TM6      
R
H
K
G
R
I
V
R
V
L
230
                   
                   
I
A
V
V
L
V
F
I
I
F
240
                   
                   
W
L
P
Y
H
L
T
L
F
V
250
                   
                   
D
T
L
K
L
L
K
W
I
S
260
                   
ECL3 TM7      
S
S
C
E
F
E
R
S
L
K
270
                   
                   
R
A
L
I
L
T
E
S
L
A
280
                   
                   
F
C
H
C
C
L
N
P
L
L
290
                   
        H8        
Y
V
F
V
G
T
K
F
R
Q
300
                   
 
                     
E
L
H
C
L
L
A
E
F
R
 
310
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ThrombinSit
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GGSGGS        
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ThrombinSit
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Nanobody7  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Protein C  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)        

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
H8 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Thromb
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GGSGGS
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Thromb
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Nanobo
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Protei
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)


DIAGRAMS

ICL1 R R I Q ICL1ECL1 H N S L ECL1ICL2 Y M R Y R ICL2ECL2 V V T K K D N Q C M T D Y D Y L E V ECL2ICL3 Q S R ICL3ECL3 W I S S ECL3N-term M T P T T T T A E L T T E F D Y D E D A T P C V N-termC-term Q R L F S R D V S W Y H S M S F S R R G S P S R R E T S S D T L S D E V C R V S Q I I P C-term F T D V L N Q S K P V T L F L Y G V V F L F G S I G N F L V I F T I T W R C S G D V Y F I N L A A A D L L F V C T L P L W M Q Y L L D A S V P C T L L T A C F Y V A M F A S L C F I T E I A L D R Y Y A I V P V K Q A C L F S I F W W I F A V I I A I P H F M S Y P I I L N V E L M L G A F V I P L S V I S Y C Y Y R I S R I V A V S H K G R I V R V L I A V V L V F I I F W L P Y H L T L F V D T L K L L K S C E F E R S L K R A L I L T E S L A F C H C C L N P L L Y V F V G T K L H C F R F R Q E L L A E

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 311 to 354

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: ThrombinSite(LVPRGS)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_2 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GGSGGS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: ThrombinSite(LVPRGS)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: Nanobody7
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_6 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: Protein C
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_7 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(8)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_8 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus HEK293S(TetR)-GnTI- Mammalian BacMam baculovirus transduct

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1 %w/v
    additive CHS 0.2 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Proteolysis by HRV 3C protease None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 28.0 mg/ml
    Temperature: 16-20°C
    ph : 6.0-6.0

    Remarks: ligand CXCL1.35, with Nb7

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    DDM 0.02 % w/v
    Lipid
    CHS 0.004 % w/v
    Additional
    MES pH 6.0 NA NA
    lithium sulfate 50.0 mM
    PEG 300 35-39 % v/v
    1,2,3-heptanetriol 1.0 % v/v
    Carboxypeptidase A & B 1:150 (w/w)