p2y12_human

NAME

4NTJ

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

p2y12_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
                  
N-term        
M
Q
A
V
D
N
L
T
S
A
10
                   
                   
P
G
N
T
S
L
C
T
R
D
20
                   
TM1              
Y
K
I
T
Q
V
L
F
P
L
30
                   
                   
L
Y
T
V
L
F
F
V
G
L
40
                   
                   
I
T
N
G
L
A
M
R
I
F
50
                   
      ICL1 TM2
F
Q
I
R
S
K
S
N
F
I
60
                   
                   
I
F
L
K
N
T
V
I
S
D
70
                   
                   
L
L
M
I
L
T
F
P
F
K
80
                   
            ECL1
I
L
S
D
A
K
L
G
T
G
90
                   
TM3              
P
L
R
T
F
V
C
Q
V
T
100
                   
                   
S
V
I
F
Y
F
T
M
Y
I
110
                   
                   
S
I
S
F
L
G
L
I
T
I
120
                   
                   
D
R
Y
Q
K
T
T
R
P
F
130
                   
ICL2     TM4  
K
T
S
N
P
K
N
L
L
G
140
                   
                   
A
K
I
L
S
V
V
I
W
A
150
                   
                   
F
M
F
L
L
S
L
P
N
M
160
                   
      ECL2      
I
L
T
N
R
Q
P
R
D
K
170
                   
                   
N
V
K
K
C
S
F
L
K
S
180
                   
TM5              
E
F
G
L
V
W
H
E
I
V
190
                   
                   
N
Y
I
C
Q
V
I
F
W
I
200
                   
                   
N
F
L
I
V
I
V
C
Y
T
210
                   
                   
L
I
T
K
E
L
Y
R
S
Y
220
   
 
              
      ICL3      
V
R
T
R
G
V
G
K
V
P
230
                   
TM6              
R
K
K
V
N
V
K
V
F
I
240
                   
                   
I
I
A
V
F
F
I
C
F
V
250
                   
                   
P
F
H
F
A
R
I
P
Y
T
260
                   
          ECL3  
L
S
Q
T
R
D
V
F
D
C
270
                   
TM7              
T
A
E
N
T
L
F
Y
V
K
280
                   
                   
E
S
T
L
W
L
T
S
L
N
290
     
 
            
                   
A
C
L
D
P
F
I
Y
F
F
300
                   
  H8              
L
C
K
S
F
R
N
S
L
I
310
                   
    C-term    
S
M
L
K
C
P
N
S
A
T
320
                   
                   
S
L
S
Q
D
N
R
K
K
E
330
                   
                   
Q
D
G
G
D
P
N
E
E
T
340
   
   
P
M
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
                  
  N-term      
 
Q
A
V
D
N
L
T
S
A
10
                   
                   
P
G
N
T
S
L
C
T
R
D
20
                   
TM1              
Y
K
I
T
Q
V
L
F
P
L
30
                   
                   
L
Y
T
V
L
F
F
V
G
L
40
                   
                   
I
T
N
G
L
A
M
R
I
F
50
                   
      ICL1 TM2
F
Q
I
R
S
K
S
N
F
I
60
                   
                   
I
F
L
K
N
T
V
I
S
D
70
                   
                   
L
L
M
I
L
T
F
P
F
K
80
                   
            ECL1
I
L
S
D
A
K
L
G
T
G
90
                   
TM3              
P
L
R
T
F
V
C
Q
V
T
100
                   
                   
S
V
I
F
Y
F
T
M
Y
I
110
                   
                   
S
I
S
F
L
G
L
I
T
I
120
                   
                   
D
R
Y
Q
K
T
T
R
P
F
130
                   
ICL2     TM4  
K
T
S
N
P
K
N
L
L
G
140
                   
                   
A
K
I
L
S
V
V
I
W
A
150
                   
                   
F
M
F
L
L
S
L
P
N
M
160
                   
      ECL2      
I
L
T
N
R
Q
P
R
D
K
170
                   
                   
N
V
K
K
C
S
F
L
K
S
180
                   
TM5              
E
F
G
L
V
W
H
E
I
V
190
                   
                   
N
Y
I
C
Q
V
I
F
W
I
200
                   
                   
N
F
L
I
V
I
V
C
Y
T
210
                   
                   
L
I
T
K
E
L
Y
R
S
Y
220
   
   
V
R
222
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                
  ICL3        
T
R
G
V
G
K
V
P
R
231
                   
TM6              
K
K
V
N
V
K
V
F
I
I
241
                   
                   
I
A
V
F
F
I
C
F
V
P
251
                   
                   
F
H
F
A
R
I
P
Y
T
L
261
                   
        ECL3 TM7
S
Q
T
R
D
V
F
D
C
T
271
                   
                 
A
E
N
T
L
F
Y
V
K
E
281
                   
                   
S
T
L
W
L
T
S
L
N
A
291
   
 
              
                   
C
L
N
P
F
I
Y
F
F
L
301
                   
H8                
C
K
S
F
R
N
S
L
I
S
311
                   
  C-term      
M
L
K
C
P
N
S
A
T
S
321
                   
                   
L
S
Q
D
N
R
K
K
E
Q
331
                   
                   
D
G
G
D
P
N
E
E
T
P
341
 
 
M
342
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
TM7
 
H8
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
TM7
 
H8
 
C-term
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10


DIAGRAMS

ICL1 R S K ICL1ECL1 L G T ECL1ICL2 P F K T S N P K ICL2ECL2 N R Q P R D K N V K K C S F L K S ECL2ICL3 R G V G K V ICL3ECL3 D V F ECL3N-term M Q A V D N L T S A P G N T S L C T R D N-termC-term L K C P N S A T S L S Q D N R K K E Q D G G D P N E E T P M C-term Y K I T Q V L F P L L Y T V L F F V G L I T N G L A M R I F F Q I S N F I I F L K N T V I S D L L M I L T F P F K I L S D A K G P L R T F V C Q V T S V I F Y F T M Y I S I S F L G L I T I D R Y Q K T T R N L L G A K I L S V V I W A F M F L L S L P N M I L T E F G L V W H E I V N Y I C Q V I F W I N F L I V I V C Y T L I T K E L Y R S Y V R T P R K K V N V K V F I I I A V F F I C F V P F H F A R I P Y T L S Q T R D C T A E N T L F Y V K E S T L W L T S L N A C L D P F I Y F F L C K S L I S F R N S M

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
294 |  D N

DELETIONS

  • from 1 to 1

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_2 223:223
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect pFastBac1

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 0.5 %w/v
    additive CHS 0.1 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Proteolysis by HRV 3C protease None
    Deglycosylation by PNGase F None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 40 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 6.0-6.5

    Remarks: lipidic cubic phase (LCP) method by mixing 40% of ,40 mg ml 21protein with 60% lipid (monoolein and cholesterol 10:1 by mass) using a syringelipid mixer

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown Ammonium formate 0.05-0.15 M
    unknown Sodium cacodylate, pH 6-6.5 0.1 M
    unknown PEG400 25-35 %
    Detergent
    detergent DDM 0.05 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.01 %w/v